Paquet : macs (3.0.2-1 et autres)

[ Paquet source : macs  ]

analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes

MACS modélise empiriquement la longueur des fragments ChIP séquencés, qui tend à être plus courte que les estimations de taille par sonication ou banque de construction, et l'utilise pour améliorer la résolution spatiale de sites de liaison prévisible. MACS utilise aussi une distribution de Poisson dynamique pour capturer efficacement des biais locaux dans la séquence du génome, permettant une prédiction plus sensible et robuste. MACS est tout à fait comparable aux algorithmes existants de recherche de pics dans les ChIP-Seq, est disponible publiquement en open source, et peut être utilisé pour des ChIP-Seq sans ou avec échantillons de contrôle.

Autres paquets associés à macs

• dep: libc6 (>= 2.38)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.14)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-cykhash

  enveloppe de cython pour « khash-sets/maps » pour une implémentation efficace de « isin » et « unique »

• dep: python3-hmmlearn

  unsupervised learning and inference of Hidden Markov Models

• dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0)

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• dep: python3-numpy-abi9

  paquet virtuel fourni par python3-numpy

• dep: python3-scipy

  outils scientifiques pour Python 3

• dep: python3-sklearn

  Python modules for machine learning and data mining - Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger macs

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ppc64el	3.0.2-1+b1	3 715,8 ko	18 115,0 ko	[liste des fichiers]