Paquet : artemis (18.2.0+dfsg-4)

[ Paquet source : artemis  ]

navigateur de génome et outil d'annotation

Artemis est un navigateur de génome et un outil d'annotation qui permet de visualiser des caractéristiques de séquence, des données de nouvelle génération et les résultats d'analyses dans le contexte de la séquence, et la traduction six-frame de la séquence.

Ce paquet fournit le navigateur de génome Artemis, l'outil de comparaison Artemis (ACT) et les outils DNAplotter et BamView.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::java, interface::commandline, Interface utilisateur: Graphical User Interface, interface::x11, role::program, Champ d'application: Utilitaire, But: Analyse, use::comparing, use::editing, Fonctionne avec: Séquence biologique, Système X Window: Application

Autres paquets associés à artemis

• dep: default-jre

  environnement d'exécution Java standard ou compatible

• dep: jemboss

  interface graphique pour EMBOSS

• dep: libbatik-java (>= 1.17)

  bibliothèque SVG de xml.apache.org

• dep: libbiojava-java (>= 1:1.9.5+dfsg)

  Java API to biological data and applications (default version)

• dep: libcglib-java (>= 3.3.0)

  Code generation library for Java

• dep: libcommons-lang3-java

  Apache Commons Lang utility classes

• dep: libcommons-logging-java (>= 1.3.0)

  interface commune d'enveloppe pour plusieurs API de connexion

• dep: libcommons-net-java

  Apache Commons Net - Java client API for basic Internet protocols

• dep: libhtsjdk-java

  Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats

• dep: libibatis-java (>= 2.3.4.726)

  iBATIS Data Mapper framework

• dep: libj2ssh-java (>= 0.2.9)

  Java library for the SSH protocol

• dep: liblog4j1.2-java

  Logging library for java

• dep: libpicard-java

  Java library to manipulate SAM and BAM files

• dep: libpostgresql-jdbc-java

  Java database (JDBC) driver for PostgreSQL

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