Paquet : rsem (1.3.3+dfsg-3 et autres) [debports]

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RNA-Seq by Expectation-Maximization

RSEM is a software package for estimating gene and isoform expression levels from RNA-Seq data. The RSEM package provides an user-friendly interface, supports threads for parallel computation of the EM algorithm, single-end and paired-end read data, quality scores, variable-length reads and RSPD estimation. In addition, it provides posterior mean and 95% credibility interval estimates for expression levels. For visualization, It can generate BAM and Wiggle files in both transcript-coordinate and genomic-coordinate. Genomic-coordinate files can be visualized by both UCSC Genome browser and Broad Institute’s Integrative Genomics Viewer (IGV). Transcript-coordinate files can be visualized by IGV. RSEM also has its own scripts to generate transcript read depth plots in pdf format. The unique feature of RSEM is, the read depth plots can be stacked, with read depth contributed to unique reads shown in black and contributed to multi-reads shown in red. In addition, models learned from data can also be visualized. Last but not least, RSEM contains a simulator.

Autres paquets associés à rsem

• dep: bowtie

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

  ou bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: r-base-core

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• sug: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• sug: r-bioc-ebseq

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ppc64 (portage non officiel)	1.3.3+dfsg-3+b1	35 258,0 ko	37 532,0 ko	[liste des fichiers]