Paquet : seqan-raptor (3.0.1+ds-5)

[ Paquet source : seqan-raptor  ]

pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences

Raptor is a system for approximately searching many queries such as next-generation sequencing reads or transcripts in large collections of nucleotide sequences. Raptor uses winnowing minimizers to define a set of representative k-mers, an extension of the interleaved Bloom filters (IBFs) as a set membership data structure and probabilistic thresholding for minimizers. This approach allows compression and partitioning of the IBF to enable the effective use of secondary memory.

Autres paquets associés à seqan-raptor

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libyaml-cpp0.8 (>= 0.7.0)

  YAML parser and emitter for C++

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: cwl-runner

  paquet virtuel fourni par cwltool, toil

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
mips64el	529,1 ko	2 319,0 ko	[liste des fichiers]