Paquet : insilicoseq (2.0.1-1)

[ Paquet source : insilicoseq  ]

simulateur de séquençage produisant des lectures Illumina réalistes

Conçu au départ pour la simulation d’échantillons métagénomiques, il peut aussi être utilisé pour produire des données de séquençage pour un seul génome.

InSilicoSeq est écrit en Python et utilise l’estimation par la méthode du noyau de densité pour modéliser la qualité de lecture de données de séquençage réelles.

InSilicoSeq prend en charge la substitution, l’insertion et la suppression d’erreurs. Si l’utilisation de l’insertion et la suppression d’erreurs ne sont pas utiles, un modèle basique d’erreur est fourni.

Autres paquets associés à insilicoseq

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-requests

  bibliothèque HTTP simple et élégante pour Python3, construite pour les êtres humains

• dep: python3-scipy

  outils scientifiques pour Python 3

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	4 135,0 ko	9 076,0 ko	[liste des fichiers]