Paquet : igv (2.18.5+dfsg-1)

[ Paquet source : igv  ]

visualiseur génomique intégratif

IGV (Integrative Genomics Viewer) est un afficheur très performant qui gère de grands ensembles de données hétérogènes, tout en fournissant une utilisation intuitive et sans problèmes à tous les niveaux de la résolution de génomes. Une caractéristique clé est sa préoccupation de la nature intégrative des études génomiques avec une prise en charge des données de séquençage basées sur les tableaux et de nouvelle génération, et l’intégration de données cliniques et de phénotypes. Bien que IGV soit souvent utilisé pour visualiser des données génomiques issues de données publiques, sa première utilité est d’aider les chercheurs voulant visualiser et explorer leurs propres données et celle de leurs collègues. Dans ce but, IGV gère de manière flexible des jeux de données locaux ou distants et il est optimisé pour offrir une visualisation et une exploration de hautes performance sur les systèmes de bureau standard.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::java, interface::commandline, Interface utilisateur: Graphical User Interface, interface::x11, network::client, Protocole réseau: HTTP, Rôle: Programme, Champ d'application: scope::utility, use::viewing, Fonctionne avec: Séquence biologique, Système X Window: Application

Autres paquets associés à igv

• dep: default-jre

  environnement d'exécution Java standard ou compatible

• dep: libbatik-java

  bibliothèque SVG de xml.apache.org

• dep: libcommons-io-java

  Common useful IO related classes

• dep: libcommons-lang3-java

  Apache Commons Lang utility classes

• dep: libcommons-math3-java

  Java lightweight mathematics and statistics components

• dep: libdsiutils-java

  Java library of statistical and text data handling tools

• dep: libfastutil-java

  Java API providing type-specific maps, sets, lists and queues

• dep: libgoogle-gson-java

  Converts Java objects into their JSON representation

• dep: libguava-java

  Suite of Google common libraries for Java

• dep: libhtsjdk-java

  Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats

• dep: libicb-utils-java

  Java library of utilities to manage files and compute statistics

• dep: libjide-oss-java

  extensible Swing component library for Java

• dep: libjsap-java

  Java Simple Argument Parser

• dep: liblog4j1.2-java

  Logging library for java

• dep: liblog4j2-java

  Apache Log4j - Logging Framework for Java

• dep: libnb-absolutelayout-java

  Java LayoutManager to allow placement in absolute positions

• dep: libprotobuf-java

  Java bindings for protocol buffers

• dep: libswing-layout-java

  Extensions to Swing layout

• dep: libxml-commons-external-java

  XML Commons external code - DOM, SAX, and JAXP, etc

• rec: libmariadb-java

  Java database driver for MariaDB and MySQL

Télécharger igv

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	3 237,5 ko	3 556,0 ko	[liste des fichiers]