Paquet : reapr (1.0.18+dfsg-6) [debports]

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outil universel pour l’évaluation d’assemblage de génomes

REAPR est un outil pour évaluer la précision d’un assemblage génomique en utilisant des lectures de séquences appariées cartographiées, sans utiliser un génome de référence pour la comparaison. Il peut être utilisé à n’importe quel stade d’une tuyauterie d’assemblage pour casser automatiquement les échafaudages incorrects et signaler d’autres erreurs dans un assemblage pour une inspection manuelle. Il rapporte les mauvais assemblages et autres avertissements, et produit un nouvel assemblage interrompu se basant sur les appels d’erreur.

Ce logiciel demande en entrée un assemblage au format FASTA et des lectures de séquences appariées cartographiées pour un assemblage dans un fichier BAM. Les informations de cartographie, telles que la couverture de fragment et la distribution de tailles d’insertions sont analysées pour localiser les mauvais assemblages. REAPR fonctionne mieux avec des paires de lectures cartographiées à partir d’une grande bibliothèque d’insertions (au moins mille paires de bases). De plus, si une courte bibliothèque Illumina d’insertions est disponible, REAPR peut la combiner avec une grande bibliothèque d’insertions pour évaluer chaque base de l’assemblage.

Autres paquets associés à reapr

• dep: bamtools

  boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libfile-copy-link-perl

  Perl extension for replacing a link by a copy of the linked file

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libtabixpp0t64 (>= 1.0.0)

  C++ wrapper to tabix indexer

• dep: r-base

  système de calcul statistique et de graphique GNU R

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• dep: snpomatic

  logiciel de mappage strict et rapide de « lectures courtes »

• dep: tabix

  indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

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