Paquet : discosnp (1.2.6-2) [debports]
Liens pour discosnp
Ressources Debian :
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IntrouvableResponsables :
Ressources externes :
- Page d'accueil [colibread.inria.fr]
Paquets similaires :
détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures
Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation Sequencers (NGS).
Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two, or more. Note also that no other data as reference genome or annotations are needed.
The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by computing per read set and for each found SNP:
1) its mean read coverage 2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.
This program is superseded by DiscoSnp++.
Autres paquets associés à discosnp
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- dep: bc
- langage de calculateur de précision arbitraire bc GNU
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- dep: libc6 (>= 2.4)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
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- dep: libgcc2 (>= 4.2.1)
- Paquet indisponible
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- dep: python
- Paquet indisponible
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- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)
- Bibliothèque de compression - binaires
Télécharger discosnp
Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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m68k (portage non officiel) | 121,2 ko | 299,0 ko | [liste des fichiers] |