Paquet : seer (1.1.4-6) [debports]

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genomic sequence element (kmer) enrichment analysis

Bacterial genomes vary extensively in terms of both gene content and gene sequence - this plasticity hampers the use of traditional SNP-based methods for identifying all genetic associations with phenotypic variation. SEER provides a computationally scalable and widely applicable statistical method for the identification of sequence elements that are significantly enriched in a phenotype of interest. SEER is applicable to even tens of thousands of genomes by counting variable- length k-mers using a distributed string-mining algorithm. Robust options are provided for association analysis that also correct for the clonal population structure of bacteria. Using large collections of genomes of the major human pathogen Streptococcus pneumoniae, SEER identifies relevant previously characterised resistance determinants for several antibiotics.

Autres paquets associés à seer

• dep: libarmadillo10 (>= 1:10.6.2+dfsg)

  Paquet indisponible

• dep: libblas3

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliothèque d'options de programmes pour C++

• dep: libc6.1 (>= 2.32)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhdf5-103-1

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libtext-csv-perl

  comma-separated values manipulator (using XS or PurePerl)

• dep: libunwind8

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: fsm-lite

  frequency-based string mining (lite)

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ia64 (portage non officiel)	1 218,9 ko	6 648,0 ko	[liste des fichiers]