Paquet : r-bioc-isoformswitchanalyzer (2.2.0+ds-1) [debports]

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Identify, Annotate and Visualize Alternative Splicing and

Isoform Switches with Functional Consequences from both short- and long-read RNA-seq data. Analysis of alternative splicing and isoform switches with predicted functional consequences (e.g. gain/loss of protein domains etc.) from quantification of all types of RNASeq by tools such as Kallisto, Salmon, StringTie, Cufflinks/Cuffdiff etc.

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• dep: r-bioc-saturn (>= 1.7.0)

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• dep: r-cran-dplyr

  GNU R grammar of data manipulation

• dep: r-cran-futile.logger

  logging utility for GNU R

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.3.5)

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-gridextra

  GNU R package with extensions for the grid package

• dep: r-cran-magrittr

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• dep: r-cran-plyr

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• dep: r-cran-rcurl

  GNU R General network (HTTP/FTP/...) client interface

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• dep: r-cran-tidyr

  GNU R package to easily tidy data

• dep: r-cran-venndiagram

  Generate High-Resolution Venn and Euler Plots

• sug: r-cran-knitr

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