Paquet : python3-pairtools (0.3.0-3.2 et autres) [debports]

[ Paquet source :  ]

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Autres paquets associés à python3-pairtools

• dep: cython3

  extensions en C pour Python 3

• dep: libc6.1 (>= 2.33)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.11)

  dep: python3 (>= 3.10~)

• dep: python3-click

  kit de création d’interface en ligne de commande – Python 3.x

• dep: python3-nose

  test discovery and running for Python3 unittest

• dep: python3-numpy (>= 1:1.20.0)

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• dep: python3-numpy-abi9

  paquet virtuel fourni par python3-numpy

Télécharger python3-pairtools

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ia64 (portage non officiel)	0.3.0-3.2+b1	137,3 ko	612,0 ko	[liste des fichiers]