Paquet : minia (3.2.6-4 et autres) [debports]

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assembleur de lectures courtes de séquences biologiques

Ce qui était mentionné comme séquençage « nouvelle génération » d’ADN jusqu’à 2020 produisait seulement des lectures « courtes » jusqu’à environ 600 paires de base en longueur qui devaient être entremêlées selon des chevauchements aléatoires dans leur séquence pour obtenir un génome complet. C’est l’assemblage de génome, mais il existe de nombreux écueils biologiques sur de longs tronçons de régions sans grande complexité et de variations de nombre de copies et d’autres sortes de redondance qui rendent cela difficile.

Ce paquet fournit un assembleur de lectures courtes de séquences d’ADN basé sur le graphe de Bruijn, capable d’assembler le génome humain sur un ordinateur de bureau en un jour.

La sortie de Minia est un ensemble de contigs, c’est-à-dire de tronçons de chevauchements linéaires sans trou de lectures courtes. Dans le meilleur des cas, il s’agit du chromosome entier.

Minia produit des résultats de contiguïté et de précision similaires à ceux des autres assembleurs de Bruijn (par exemple, Velvet).

Autres paquets associés à minia

• dep: bc

  langage de calculateur de précision arbitraire bc GNU

• dep: libc6.1 (>= 2.37)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg)

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhdf5-103-1t64

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: zlib1g

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• sug: bandage

  application de bio-informatique pour navigation simple dans les graphes d’assemblage De novo

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ia64 (portage non officiel)	3.2.6-4+b1	400,4 ko	941,0 ko	[liste des fichiers]