programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés
MAFFT est un programme d'alignement multiple de séquences qui offre trois
méthodes orientées précision :
- L-INS-i : probablement la plus précise ; recommandée pour moins de
200 séquences ; méthode de raffinement itératif qui incorpore les
informations d'alignement des paires locales ;
- G-INS-i : convient pour des séquences de longueurs similaires ;
recommandée pour moins de 200 séquences ; méthode de raffinement
itératif qui incorpore les informations d'alignement des paires
globales ;
- E-INS-i : convient pour des séquences qui contiennent de grandes régions
non-alignables ; recommandée pour moins de 200 séquences.
MAFFT fournit également cinq méthodes orientées vitesse :
- FFT-NS-i : méthode de raffinement itératif de deux cycles seulement ;
- FFT-NS-i : méthode de raffinement itératif d'un maximum de 1 000
itérations ;
- FFT-NS-2 : rapide, méthode progressive ;
- FFT-NS-1 : très rapide, recommandé pour plus de 2 000 séquences ;
méthode progressive avec un arbre de recherche grossier ;
- NW-NS-PartTree-1 : recommandé pour environ 50 000 séquences ; méthode
progressive avec l'algorithme PartTree.
