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Paquet : blixem (4.44.1+dfsg-7.1) [debports]

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Paquets similaires :

navigateur interactif d’alignements de séquences

Blixem est un navigateur interactif d’alignements de séquences qui ont été empilés dans un alignement multiple de type « maître-esclave » ; il ne s’agit pas d’un vrai alignement multiple mais d’un alignement « un vers beaucoup ».

 * section aperçu montrant les emplacements des gènes et des alignements
   autour de la fenêtre d’alignement ;
 * section détail montrant l’alignement de séquences de protéines ou de
   nucléotides dans la séquence d’ADN génomique ;
 * voir des alignements entre les deux brins de la séquence de référence ;
 * voir des séquences en mode nucléotide ou protéine ; en mode protéine,
   Blixem affiche la traduction en trois cadres de la séquence de
   référence ;
 * les résidus sont surlignés en différentes couleurs en fonction de s’il
   s’agit d’une correspondance parfaite, d’une substitution conservée ou
   d’une non-correspondance ;
 * les alignements avec trous sont pris en charge, les insertions ou
   suppressions étant surlignées dans la séquence correspondante ;
 * les correspondances peuvent être triées et filtrées ;
 * les polymorphismes de nucléotides simples (SNP) et autres variations
   peuvent être surlignés dans la séquence de référence ;
 * les queues Poly(A) peuvent être affichées et les signaux poly(A) peuvent
   être surlignés dans la séquence de référence.

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