Paquet : anfo (0.98-9) [debports]

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aligneur/mappeur de lectures courtes à partir de MPG

Anfo est un mappeur dans l'esprit de Soap/Maq/Bowtie, mais sa mise en œuvre relève plus de BLAST/BLAT. Il est plus utile pour l'alignement de séquences de lectures où la séquence ADN est quelque peu modifiée (pensez à de l'ADN ancien ou au traitement au bisulfite) et/ou il existe plus de divergence entre l'échantillon et la référence, que ces mappeurs rapides géreront avec élégance (considérant que le génome de référence est manquant, une variante proche est utilisée en lieu et place).

Autres paquets associés à anfo

• dep: libanfo0 (>= 0.98)

  bibliothèque d'aligneur/mappeur de lectures courtes à partir de MPG

• dep: libc6.1 (>= 2.32)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libelk0

  implementation of Scheme (the Extension Language Kit)

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libpopt0 (>= 1.14)

  Bibliothèque pour analyser les paramètres de la ligne de commande

• dep: libprotobuf17

  protocol buffers C++ library

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger anfo

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ia64 (portage non officiel)	135,6 ko	620,0 ko	[liste des fichiers]