Paquet : r-cran-seurat (5.1.0-1)

[ Paquet source : r-cran-seurat  ]

Tools for Single Cell Genomics

A toolkit for quality control, analysis, and exploration of single cell RNA sequencing data. 'Seurat' aims to enable users to identify and interpret sources of heterogeneity from single cell transcriptomic measurements, and to integrate diverse types of single cell data. See Satija R, Farrell J, Gennert D, et al (2015) <doi:10.1038/nbt.3192>, Macosko E, Basu A, Satija R, et al (2015) <doi:10.1016/j.cell.2015.05.002>, and Butler A and Satija R (2017) <doi:10.1101/164889> for more details.

Autres paquets associés à r-cran-seurat

• dep: libc6 (>= 2.38)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-cran-cluster

  paquet GNU R pour l'analyse de grappe, écrit par Rousseeuw et al.

• dep: r-cran-cowplot

  GNU R streamlined plot theme and plot annotations for 'ggplot2'

• dep: r-cran-fastdummies

  fast creation of dummy columns and rows from categorical variables

• dep: r-cran-fitdistrplus

  support fit of parametric distribution

• dep: r-cran-future

  R package: A Future API for R

• dep: r-cran-future.apply

  apply function to elements in parallel using futures

• dep: r-cran-generics (>= 0.1.3)

  GNU R common S3 generics not provided by base R methods

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.3.0)

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-ggrepel

  auto-position non-overlapping text labels in plots

• dep: r-cran-ggridges

  Ridgeline Plots in 'ggplot2'

• dep: r-cran-httr

  GNU R tools for working with URLs and HTTP

• dep: r-cran-ica

  Independent Component Analysis

• dep: r-cran-igraph

  analyse et visualisation de réseau avec GNU R

• dep: r-cran-irlba

  GNU R fast truncated SVD, PCA and symmetric eigendecomposition

• dep: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• dep: r-cran-kernsmooth

  paquet de GNU R pour le lissage et estimation de densité par noyau

• dep: r-cran-leiden (>= 0.3.1)

  implémentation de GNU R de l’algorithme de groupement Leiden

• dep: r-cran-lifecycle

  manage the life cycle of your GNU R package functions

• dep: r-cran-lmtest

  paquet de GNU R pour la diagnostic des modèles de régression linéaire

• dep: r-cran-mass

  paquet GNU R pour MASS de Venables et Ripley

• dep: r-cran-matrix (>= 1.5-0)

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• dep: r-cran-matrixstats

  GNU R methods that apply to rows and columns of a matrix

• dep: r-cran-miniui

  composants graphiques d’interface utilisateur de Shiny pour petits écrans

• dep: r-cran-patchwork

  GNU R the composer of plots

• dep: r-cran-pbapply

  paquet de GNU R fournissant des barres de progression pour des fonctions de R vectorisées

• dep: r-cran-plotly (>= 4.9.0)

  create interactive web graphics via 'plotly.js' in GNU R

• dep: r-cran-png

  GNU R package to read and write PNG images

• dep: r-cran-progressr

  GNU R inclusive, unifying API for progress updates

• dep: r-cran-purrr

  outils de GNU R pour la programmation fonctionnelle

• dep: r-cran-rann

  Fast Nearest Neighbour Search Using L2 Metric

• dep: r-cran-rcolorbrewer

  paquet de GNU R fournissant des palettes de couleurs adaptées

• dep: r-cran-rcpp (>= 1.0.7)

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-rcppannoy (>= 0.0.18)

  liaisons de Rcpp pour Annoy (recherche des plus proches voisins)

• dep: r-cran-rcppeigen

  paquet de GNU R pour l’algèbre linéaire de patrons Eigen

• dep: r-cran-rcpphnsw

  R bindings for a Library for Approximate Nearest Neighbors

• dep: r-cran-rcppprogress

  interruptible progress bar for C++ in GNU R packages

• dep: r-cran-reticulate

  R interface to Python modules, classes, and functions

• dep: r-cran-rlang

  Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features

• dep: r-cran-rocr

  paquet de GNU R pour préparer et afficher des courbes ROC

• dep: r-cran-rspectra

  GNU R solvers for large-scale eigenvalue and SVD problems

• dep: r-cran-rtsne

  t-SNE de GNU R utilisant l’algorithme de Barnes-Hut

• dep: r-cran-scales

  Scale functions for visualization

• dep: r-cran-scattermore (>= 1.2)

  GNU R scatterplots with more points

• dep: r-cran-sctransform (>= 0.4.1)

  Variance Stabilizing Transformations for Single Cell UMI Data

• dep: r-cran-seuratobject (>= 5.0.2)

  GNU R data structures for single cell data

• dep: r-cran-shiny

  GNU R web application framework

• dep: r-cran-spatstat.explore

  GNU R exploratory data analysis for the 'spatstat' family

• dep: r-cran-spatstat.geom

  GNU R geometrical functionality of the 'spatstat' package

• dep: r-cran-tibble

  GNU R Simple Data Frames

• dep: r-cran-uwot (>= 0.1.10)

  GNU R uniform manifold approximation and projection (UMAP)

• rec: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• rec: r-bioc-biocgenerics

  generic functions for Bioconductor

• rec: r-bioc-genomeinfodb

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• rec: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• rec: r-bioc-singlecellexperiment

  S4 Classes for Single Cell Data

• rec: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• rec: r-cran-ape

  paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution

• rec: r-cran-data.table

  GNU R extension of Data.frame

• rec: r-cran-ggrastr

  Bioconductor rasterize layers for 'ggplot2'

• rec: r-cran-hdf5r

  GNU R interface to the 'HDF5' binary data format

• rec: r-cran-metap

  méta-analyse de valeurs de significativité

• rec: r-cran-mixtools

  GNU R tools for analyzing finite mixture models

• rec: r-cran-r.utils

  GNU R various programming utilities

• rec: r-cran-rsvd

  Randomized Singular Value Decomposition

• rec: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

• rec: r-cran-vgam

  paquet de GNU R pour l’estimation de modèle additif généralisé vectoriel

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
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