Paquet : python3-biom-format (2.1.16-1 et autres)

[ Paquet source : python-biom-format  ]

format de matrice d'observation biologique (BIOM) – Python 3

Le format de fichiers BIOM (prononcé biome) est conçu pour être un format d'usage général pour représenter un échantillon biologique avec des tables de contingence d'observations. BIOM est un standard reconnu pour le projet Earth Microbiome et est un projet candidat du Genomics Standards Consortium.

Le format BIOM est conçu pour une utilisation générale dans de vastes disciplines de -omique comparative. Par exemple, dans les études de gènes marqueurs, l'utilisation principale de ce format est de représenter des tables OTU : dans ce cas, les observations sont des OTU et la matrice contient les comptes correspondant au nombre de fois que chaque OTU est observé dans chaque échantillon. Par rapport aux données de métagénomes, ce format servirait à représenter les tables de métagénomes : dans ce cas, les observations pourraient correspondre aux sous-systèmes SEED et la matrice contiendrait les comptes correspondant au nombre de fois que chaque sous-système est observé dans chaque métagénome. De même, pour les données de génome, ce format pourrait servir à représenter un ensemble de génomes : dans ce cas, les observations pourraient à nouveau correspondre aux sous-systèmes SEED et les comptes pourraient correspondre au nombre de fois que chaque sous-système est observé dans chaque génome.

Ce paquet fournit la bibliothèque du format BIOM pour l'interpréteur Python 3.

Autres paquets associés à python3-biom-format

• dep: libc6 (>= 2.4)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-click

  kit de création d’interface en ligne de commande – Python 3.x

• dep: python3-h5py

  interface généraliste de Python pour hdf5

• dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0)

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• dep: python3-numpy-abi9

  paquet virtuel fourni par python3-numpy

• dep: python3-pandas

  structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »

• dep: python3-scipy

  outils scientifiques pour Python 3

• sug: python-biom-format-doc

  documentation pour le format BIOM

Télécharger python3-biom-format

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	2.1.16-1+b1	143,1 ko	876,0 ko	[liste des fichiers]