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[ Paquet source : fermi-lite  ]

Paquet : fml-asm (0.1+git20190320.b499514-1 et autres)

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outil pour l’assemblage Illumina de lectures courtes pour de petites régions

Fml-asm est un outil en ligne de commande pour l’assemblage Illumina de lectures courtes pour des régions de taille 100 à 10 millions de paires de base, basé sur la bibliothèque fermi-lite. C’est une version en mémoire largement plus légère de fermikit sans génération de fichiers intermédiaires. Il hérite des performances, de l’empreinte mémoire relativement petite et des fonctions de fermikit. En particulier, fermi-lite est capable de conserver les évènements hétérozygotes et peut donc être utilisée pour assembler des régions diploïdes dans le but de détecter les variants.

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