Paquet : r-bioc-limma (3.58.1+dfsg-1) [debports]

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modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

Les biopuces (puces à gènes) sont des plaques microscopiques de brins de courtes séquences d’ADN soigneusement arrangées ou des surfaces préparées chimiquement auxquelles d’autres ADN se lient de préférence. Le montant des liaisons d’ADN dans des emplacements différents de ces puces, déterminé classiquement par un colorant fluorescent, est à déterminer. La technologie est utilisée habituellement avec de l’ADN dérivant d’ARN, c'est-à-dire pour déterminer l’activité d’un gène ou des variantes d’épissage. Mais la technologie est aussi utilisée pour déterminer les variations de séquence dans l’ADN génomique.

Le paquet Bioconductor prend en charge l’analyse de données d’expression de biopuces (microarray), particulièrement l’utilisation de modèles linéaires pour l’analyse d’expériences imaginées et l’évaluation d’expression différentielle. Le paquet fournit des possibilités de pré- traitement pour les puces décolorées en deux couleurs. Les méthodes d’expression différentielle s’appliquent à toutes les plateformes de puce et traitent les expérimentations simple canal et double canaux d’Affymetrix, de manière unifiée.

Autres paquets associés à r-bioc-limma

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.18

  Paquet indisponible

• dep: r-cran-statmod

  GNU R package providing algorithms and functions for statistical modeling

• sug: r-bioc-affy

  méthodes de BioConductor pour les matrices d'oligonucléotides d'Affymetrix

• sug: r-bioc-annotationdbi

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

• sug: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-go.db

  annotation maps describing the entire Gene Ontology

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  genome-wide annotation for Human

• sug: r-cran-biasedurn

  GNU R Biased Urn model distributions

• sug: r-cran-ellipse

  GNU R functions for drawing ellipses and ellipse-like confidence regions

• sug: r-cran-gplots

  paquet de GNU R d’outils de tracé de données de Greg Warnes et autres

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-locfit

  GNU R local regression, likelihood and density estimation

• sug: r-cran-mass

  paquet GNU R pour MASS de Venables et Ripley

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