Paquet : bandage (0.9.0-2 et autres) [debports]

[ Paquet source :  ]

application de bio-informatique pour navigation simple dans les graphes d’assemblage De novo

Bandage est un programme graphique permettant aux utilisateurs d’interagir avec les graphes d’assemblage réalisés par les assembleurs de novo tels que Velvet, SPAdes, MEGAHIT et d’autres.

Les graphes d’assemblage de novo contiennent non seulement les contigs assemblés, mais aussi les connexions entre ceux-ci, qui n’étaient auparavant pas faciles d’accès. Bandage visualise les graphes d’assemblage, avec les connexions, grâce à des algorithmes d’agencement de graphes. Les nœuds du graphe dessiné, qui représentent les contigs, peuvent être étiquetés automatiquement avec leur identifiant, leur longueur ou leur profondeur. Les utilisateurs peuvent interagir avec le graphe en déplaçant, étiquetant ou colorant les nœuds. L’information de séquence peut aussi être directement extraite du visionneur de graphe. En représentant les connexions entre contigs, Bandage ouvre de nouvelles possibilités d’analyse et d’amélioration des assemblages de novo qui n’étaient pas possibles en observant les contigs seuls.

Le site web de Bandage propose davantage d’informations et de liens de téléchargement : rrwick.github.io/Bandage.

Ce paquet est utile dans le domaine de l’assemblage de génome.

Autres paquets associés à bandage

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libqt5core5t64 (>= 5.15.1)

  module principal de QT⋅5

• dep: libqt5gui5t64 (>= 5.8.0)

  module Qt⋅5 d'interface graphique

  ou libqt5gui5-gles (>= 5.8.0)

  Qt 5 GUI module — OpenGL ES variant

• dep: libqt5svg5 (>= 5.6.0~beta)

  module SVG de Qt⋅5

• dep: libqt5widgets5t64 (>= 5.15.1)

  module de widgets de Qt⋅5

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

Télécharger bandage

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
hppa (portage non officiel)	0.9.0-2+b1	956,9 ko	2 511,0 ko	[liste des fichiers]