Paquet : atac (0~20150903+r2013-9) [debports]

[ Paquet source :  ]

comparaison de génomes d'assemblage en assemblage

Atac calcule l'alignement par paires de grandes séquences d'ADN. Il trouve d'abord les k-mer uniques de chaque séquence, les enchaîne en des blocs plus grands puis remplit les espaces entre les blocs. Il a été écrit principalement pour transférer les annotations entre différents assemblages de génome humain.

La sortie est un ensemble de correspondances (« matches ») sans trou et un ensemble de « runs » avec des trous et formés à partir des correspondances. Chaque correspondance ou run associe une séquence avec l'autre séquence. L'association est unique dans le sens où il n'y a pas d'autre association (d'une certaine taille) pour chaque séquence. Ainsi, les longues répétitions et duplications sont absentes de la sortie : elles apparaissent en tant que régions non représentées.

Bien que la sortie soit toujours appairée, atac peut mettre les résultats intermédiaires en cache pour accélérer la comparaison de plusieurs séquences.

Ce paquet fait partie de la suite Kmer.

Autres paquets associés à atac

• dep: gnuplot

  programme de tracé interactif en ligne de commande
  un paquet virtuel est également fourni par gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: leaff

  biological sequence library utilities and applications

• dep: libc6 (>= 2.38)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libfile-which-perl

  Perl module for searching paths for executable programs

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: meryl

  in- and out-of-core kmer counting and utilities

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3.12

  langage de haut niveau, interactif et orienté objet – version 3.12

• rec: kmer-examples

  sample data for kmer suite of tools for DNA sequence analysis

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
hppa (portage non officiel)	463,8 ko	3 011,0 ko	[liste des fichiers]