[ Paquet source : bio-vcf ]
Paquet : bio-vcf (0.9.5-3)
Liens pour bio-vcf
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source bio-vcf :
Responsables :
- Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
- Andreas Tille (Page QA)
- Nilesh Patra (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [github.com]
Paquets similaires :
langage dédié pour le traitement du format VCF
Bio-vcf fournit un langage dédié (DSL – Domain Specific Language) pour le traitement du format VCF. Les champs avec intitulé d’enregistrement peuvent être recherchés à l’aide d’expressions rationnelles, par exemple :
sample.dp>20 and rec.filter !~ /LowQD/ and rec.tumor.bcount[rec.alt]>4
Bio-vcf est une nouvelle génération d’analyseur, de filtre et de convertisseur pour VCF. Bio-vcf n’est pas seulement très rapide pour les données de tout le génome (WGS), il est aussi fourni avec un très intéressant langage de filtre, d’évaluation et de réécriture, et il peut produire n’importe quel type de données textuelles, y compris les en-têtes et le contenu, en RDF et JSON.
Autres paquets associés à bio-vcf
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- dep: ruby
- interpréteur pour le langage de script orienté objet Ruby – version par défaut
Télécharger bio-vcf
| Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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| all | 28,1 ko | 141,0 ko | [liste des fichiers] |