Paquet : beagle (220722-1)

[ Paquet source : beagle  ]

appel de génotype, phasage de génotype et attribution de marqueurs non génotypés

Beagle réalise l'appel de génotype, le phasage de génotype, l'attribution de marqueurs non génotypés et la détection de segments identiques par descente. L'attribution génotypique fonctionne sur des haplotypes phasés grâce à un modèle de fréquence d'haplotype de Li et Stephens. Beagle implémente aussi l'algorithme IBD raffiné pour détecter les segments homozygotes par descente (HBD) et identiques par descente (IBD).

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::java, interface::commandline, Rôle: Programme, But: Analyse

Autres paquets associés à beagle

• dep: default-jre

  environnement d'exécution Java standard ou compatible

  ou java11-runtime

  paquet virtuel fourni par default-jre, openjdk-11-jre, openjdk-17-jre, openjdk-19-jre, openjdk-20-jre, openjdk-21-jre, openjdk-22-jre, openjdk-23-jre

• dep: libhtsjdk-java

  Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats

• sug: beagle-doc

  documentation pour Beagle

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	352,8 ko	732,0 ko	[liste des fichiers]