Paquet : pycoqc (2.5.2+dfsg-3)

[ Paquet source : pycoqc  ]

calcul de métriques et génération de tracés interactifs de chimie quantique

PycoQC calcule des métriques et génère des tracés interactifs de chimie quantique pour les données de séquençage de « Oxford Nanopore technologies ».

PycoQC repose sur le fichier sequencing_summary.txt généré par Albacore et Guppy, mais, si nécessaire, il peut aussi générer un fichier de synthèse basé sur des fichiers fast5 « basecalled ». Ce paquet prend en charge les exécutions 1D et 1D2 générées avec les appareils Minion, Gridion et « basecalled » avec Albacore 1.2.1+ ou Guppy 2.1.3+

Autres paquets associés à pycoqc

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-h5py

  interface généraliste de Python pour hdf5

• dep: python3-h5py-serial

  general-purpose Python interface to hdf5 (Python 3 serial)

• dep: python3-jinja2

  small but fast and easy to use stand-alone template engine

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• dep: python3-pandas

  structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »

• dep: python3-plotly (>= 4.1.0)

  Python 3 plotting library for publication-quality graphs

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-scipy

  outils scientifiques pour Python 3

• dep: python3-tqdm

  fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	35,4 ko	194,0 ko	[liste des fichiers]