Paquet : murasaki (1.68.6-14)

[ Paquet source : murasaki  ]

homology detection tool across multiple large genomes

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

Autres paquets associés à murasaki

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  opérations sur le système de fichiers (chemins portables, itération sur des répertoires,⋅etc.) en C++

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libc6 (>= 2.38)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: murasaki-common

  homology detection tool across multiple large genomes (common files)

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
armel	452,9 ko	3 326,0 ko	[liste des fichiers]