Paquet : bppsuite (2.4.1-7)

[ Paquet source : bppsuite  ]

suite de programmes Bio++

La suite de programmes Bio++ est un ensemble de programmes utilisant les bibliothèques Bio++ et dédiés à la phylogénétique et à l’évolution moléculaire. Tous les programmes sont indépendants mais peuvent être combinés pour réaliser des analyses complexes. Ces programmes utilisent les outils d’aide d’interface des bibliothèques et partagent donc la même syntaxe. Ils ont aussi plusieurs options communes, qui pourraient être partagées par des logiciels tiers.

Les programmes suivants sont inclus :

 – BppML pour une analyse de maximum de vraisemblance ;
 – BppSeqGen pour la simulation de séquences ;
 – BppAncestor pour la reconstruction d'états ancestraux ;
 – BppDist pour les méthodes de distance ;
 – BppPars pour l’analyse de parcimonie ;
 – BppSeqMan pour la conversion de fichiers et la manipulation de
   séquences ;
 – BppConsense pour construire des arbres de consensus et calculer des
   valeurs de démarrage (« bootstrap ») ;
 – BppReRoot pour le changement de racines d'arbre ;
 – BppTreeDraw pour le dessin d'arbres ;
 – BppAlnScore pour la comparaison d'alignements et le calcul de scores
   d'alignements ;
 – BppMixedLikelihood pour calculer les vraisemblances site par site des
   composants de modèles de mélange ;
 – BppPopGen pour les analyses génétiques de population.

Autres paquets associés à bppsuite

• dep: libbpp-core4t64 (>= 2.4.1)

  bibliothèque principale de Bio++

• dep: libbpp-phyl12t64 (>= 2.4.1)

  bibliothèque de phylogénétique de Bio++

• dep: libbpp-popgen8t64 (>= 2.4.1)

  bibliothèque de génétique des populations de Bio++

• dep: libbpp-seq12t64 (>= 2.4.1)

  bibliothèque de séquences pour Bio++

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• sug: bppsuite-examples

  exemples pour la suite de programmes Bio++

Télécharger bppsuite

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
armel	321,6 ko	1 606,0 ko	[liste des fichiers]