Paquet : boxshade (3.3.1-14)

[ Paquet source : boxshade  ]

Rendu élégant d'alignements multiples de séquences

Boxshade est conçu pour l'impression de documents de qualité présentant des séquences d'ADN ou des alignements multiples de protéines. Ce n'est pas un programme de calcul d'alignements, il lui faut un fichier en entrée créé par un outil de calcul d'alignement ou édité à la main.

Boxshade lit les alignements de séquences depuis les fichiers générés par les logiciels PILEUP-PSF, CLUSTAL-ALN, MALIGNED et ESEE (dans la limite de 150 séquences contenant au maximum 10 000 éléments chacune). De nombreux jeux d'ombre peuvent être utilisés. La sortie est affichée à l'écran ou peut être envoyée dans un fichier dans les formats suivants : ANSI/VT100, PS/EPS, RTF, HPGL, ReGIS, LJ250-printer, ASCII, xFIG, PICT, HTML.

Étiquettes: Biologie: Clustal et ALN, Protéines, Domaine: field::biology, field::biology:bioinformatics, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: scope::utility, use::typesetting, Format pris en charge: works-with-format::html, works-with-format::plaintext, works-with-format::postscript, works-with-format::tex, Fonctionne avec: Étiquette supplémentaire nécessaire, Texte

Autres paquets associés à boxshade

• dep: libc6 (>= 2.7)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• sug: kalign

  Alignement séquentiel multiple global et progressif

  ou clustalw

  alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

  ou mafft

  programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

  ou hmmer

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

• sug: seaview

  interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie

• sug: texlive-latex-extra

  TeX Live : paquets LaTeX supplémentaires

• sug: xfig

  outil de création interactive de dessin sous X11

Télécharger boxshade

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
armel	54,6 ko	163,0 ko	[liste des fichiers]