Paquet : belvu (4.44.1+dfsg-7.1 et autres)

[ Paquet source : seqtools  ]

visualisateur d’alignements de séquences multiples et outil phylogénétique

Belvu est un est un visualisateur d’alignements de séquences multiples et un outil phylogénétique avec un grand ensemble de modes personnalisables de coloration de résidus.

 – vue d’alignements de séquences multiples ;
 – coloration des résidus selon la conservation, avec des seuils et
   couleurs personnalisables ;
 – coloration des résidus selon les types (personnalisables) ;
 – schémas de couleur importables ou exportables ;
 – récupération des inscriptions de Swissprot (ou PIR) par double clic ;
 – suivi aisé de la position dans l’alignement ;
 – suppression manuelle de lignes et colonnes ;
 – édition automatique de lignes et colonnes, basée sur des critères
   personnalisables :
    — suppression de toutes les colonnes avec trous,
    — suppression de tous les trous,
    — suppression de toutes les séquences redondantes,
    — suppression d’une colonne selon un pourcentage personnalisable
      de trous,
    — filtrage de séquences selon le pourcentage d’identités,
    — suppression de séquences selon un pourcentage personnalisable
      de trous,
    — suppression de séquences incomplètes (celles commençant ou finissant
      par des trous,
    — suppression de colonnes par conservation (avec des seuils hauts et
      bas personnalisables) ;
 – enregistrement des alignements aux formats Stockholm, Selex, MSF
   ou FASTA ;
 – matrices de distances entre séquences créées en utilisant différentes
   métriques de distance ;
 – matrices de distances importables ou exportables ;
 – construction d’arbres phylogénétiques basée sur différents algorithmes
   de reconstruction d’arbre basés sur la distance ;
 – enregistrement des arbres au format New Hampshire ;
 – reconstruction phylogénétique par technique « bootstrap ».

Étiquettes: Boîte à outils d'interface utilisateur: GTK

Autres paquets associés à belvu

• dep: libc6 (>= 2.38)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  Bibliothèque graphique vectorielle Cairo 2D

• dep: libcurl4t64 (>= 7.16.2)

  bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation - avec OpenSSL

• dep: libgbtools0t64 (>= 4.44.1+dfsg)

  library for visualising sequence alignments

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libglib2.0-0t64 (>= 2.22.0)

  bibliothèque GLib de routines C

• dep: libgtk2.0-0t64 (>= 2.12.0)

  bibliothèque d'interface graphique utilisateur GTK –⋅version ancienne

• dep: libpango-1.0-0 (>= 1.14.0)

  Mise en place et rendu de texte internationalisé

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
armel	4.44.1+dfsg-7.1+b2	1 014,3 ko	1 190,0 ko	[liste des fichiers]