Paquet : barrnap (0.9+dfsg-4)

[ Paquet source : barrnap  ]

prédiction ribosomale rapide d'ARN

Barrnap (« BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor ») prédit l'emplacement de gènes d'ARN ribosomal dans les génomes. Il gère les bactéries (5S,23S,16S), les archées (5S,5.8S,23S,16S), les mitochondries (12S,16S) et les eucariotes (5S,5.8S,28S,18S).

Barrnap prend des séquences d'ADN FASTA en entrée et écrit en GFF3 en sortie. Il utilise l'outil NHMMER fournit par HMMER 3.1 pour la recherche HMM de type ARN ou ADN. Le multithreading est pris en charge et il faut s'attendre à une accélération grossièrement linéaire avec le nombre de processeurs.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::perl, interface::commandline, Rôle: Programme, But: use::searching, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à barrnap

• dep: bedtools

  suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

• dep: hmmer

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	513,6 ko	3 170,0 ko	[liste des fichiers]