Paquet : t-coffee (13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1)
Liens pour t-coffee
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source t-coffee :
- [t-coffee_13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1.dsc]
- [t-coffee_13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg.orig.tar.xz]
- [t-coffee_13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1.debian.tar.xz]
Responsables :
- Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
- Steffen Moeller (Page QA)
- Andreas Tille (Page QA)
- Étienne Mollier (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [www.tcoffee.org]
Paquets similaires :
alignement multiple de séquences
T-Coffee est un programme d'alignement multiple de séquences. À partir d'un ensemble de séquences (protéines ou ADN), T-Coffee crée un alignement multiple. Les versions 2.00 et supérieures peuvent mélanger les séquences et les structures.
T-Coffee permet la combinaison de collection d'alignements multiples ou par paires de séquences, globaux ou locaux, dans un modèle unique. Il peut aussi estimer le niveau de cohérence de chaque position dans le nouvel alignement avec les autres alignements. Veuillez vous référer à l'épreuve incluse pour plus d'informations.
T-Coffee dispose d'une variante appelée M-Coffee qui permet la combinaison de sorties de nombreux paquets d'alignement de séquences. Dans sa version publiée, il utilise MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA et T-Coffee. Une version spéciale, DM-Coffee, a été faite pour Debian. Cette version n'utilise que des logiciels libres grâce au remplacement de Clustal W par Kalign. L'utilisation des huit méthodes proposées par M-Coffee peut parfois s'avérer lourde. Il est néanmoins possible de n'en utiliser qu'un sous-ensemble de son choix.
Autres paquets associés à t-coffee
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
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- dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- rec: amap-align
- alignement multiple de séquences protéiques par appariement
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- rec: clustalo
- programme à usage général d'alignement de plusieurs séquences pour les protéines
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- rec: clustalw
- alignement de séquences de nucléotides ou de peptides
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- rec: dialign-tx
- alignement séquentiel multiple basé sur les segments
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- rec: fsa
- Fast Statistical Alignment of protein, RNA or DNA sequences
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- rec: kalign
- Alignement séquentiel multiple global et progressif
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- rec: libsoap-lite-perl
- Perl implementation of a SOAP client and server
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- rec: libxml-simple-perl
- Perl module for reading and writing XML
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- rec: mafft
- programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés
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- rec: muscle
- programme d'alignements multiples de séquences de protéine
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- rec: mustang
- alignement structurel multiple de protéines
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- rec: ncbi-blast+
- suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération
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- rec: poa
- alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences
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- rec: prank
- Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
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- rec: probcons
- alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste
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- rec: proda
- Alignement multiple de séquences protéiques
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- rec: tm-align
- alignement structurel de protéines
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- sug: boxshade
- Rendu élégant d'alignements multiples de séquences
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- sug: seaview
- interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie
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- sug: t-coffee-examples
- exemples annotés pour l'utilisation de T-Coffee
Télécharger t-coffee
Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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arm64 | 894,1 ko | 2 634,0 ko | [liste des fichiers] |