Paquet : r-cran-qtl (1.70-1)

[ Paquet source : r-cran-qtl  ]

paquet de GNU R d’analyse de liaisons de marqueurs génétiques

R/qtl est un environnement interactif et extensible pour cartographier les QTL (locus de caractères quantitatifs) dans des croisements expérimentaux. Il est implanté comme un module complémentaire pour le langage/logiciel de statistiques libre et largement utilisé « R » (voir http://www.r- project.org).

Le développement de ce logiciel comme extension de R permet de profiter des fonctions mathématiques et statistiques basiques ainsi que des capacités graphiques puissantes fournies avec R. De plus, l’utilisateur bénéficie de l’intégration transparente du logiciel de cartographie QTL dans le programme d’analyse statistique générale. Le but est rendre les méthodes complexes de mappage de QTL très accessibles et de permettre aux utilisateurs de se concentrer plutôt sur la modélisation que sur le calcul.

Un composant clef des méthodes de calcul pour le mappage QTL est la technologie du modèle de Markov caché (MMC/HMM) pour composer avec les données de génotype manquantes. Les algorithmes MMC principaux, avec compensation de la présence d’erreurs de génotypage, pour rétrocroisement, intercroisement, croisement « four-way » à phases connues ont été implémentés.

La version actuelle de R/qtl inclut des structures pour estimer les cartes génétiques, identifier les erreurs du génotype, lancer des recherches de QTL simple et QTL double, des recherches bi-dimensionnelles, par correspondance d’intervalle (avec l’algorithme EM), la régression de Haley-Knott, et l’imputation multiple. Tout cela peut être réalisé en la présence de covariantes (comme le sexe, l’âge ou le traitement). Il est aussi possible de faire correspondre des modèles de QTL d’ordre plus élevé par imputation multiple.

Étiquettes: Développement de logiciel: Programmation GNU R, Bibliothèques, Domaine: Biologie, field::statistics, implemented-in::r, Rôle: Données d'application, Ensemble d'application: GNU

Autres paquets associés à r-cran-qtl

• dep: libblas3

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

  ou liblapack.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: ruby

  interpréteur pour le langage de script orienté objet Ruby – version par défaut

• rec: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
arm64	5 396,8 ko	10 307,0 ko	[liste des fichiers]