Paquet : python3-slow5 (0.7.0+dfsg-3)

[ Paquet source : libslow5lib  ]

module de Python 3 pour lire et écrire des fichiers SLOW5

Slow5lib est une bibliothèque logicielle pour lire et écrire les fichiers SLOW5. Slow5lib est conçu pour faciliter l’utilisation des données au format SLOW5 par des paquets logiciels de tierces parties. Les paquets existants qui lisent ou écrivent des données au format FAST5 peuvent être facilement modifiés pour gérer SLOW5.

SLOW5 est un nouveau format de fichier pour stocker des données de signaux d’appareils de Nanopore Technologies d’Oxford (ONT). SLOW5 a été développé pour vaincre les limitations inhérentes au format standard FAST5 de données de signaux qui empêchaient une analyse efficace et échelonnable et causait beaucoup de maux de tête aux développeurs. SLOW5 peut être encodé dans un format ASCII lisible ou dans format binaire plus compact et plus rationnel (BLOW5) – c’est analogue au format SAM/BAM pionnier pour stocker des alignements de séquence d’ADN. Le format binaire BLOW5 gère la compression « zlib » (DEFLATE) ou d’autres méthodes de compression, et, par conséquent, minimise l’empreinte de stockage de données tout en permettant un accès en parallèle efficace. Des expérimentations de bancs d’essai poussées ont montré que le format SLOW5 en ordre de grandeur est plus rapide et significativement plus petit que FAST5.

Il s’agit du module de Python 3.

Autres paquets associés à python3-slow5

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libslow5-0t64 (= 0.7.0+dfsg-3)

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1)

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: python3 (<< 3.13)

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0)

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• dep: python3-numpy-abi9

  paquet virtuel fourni par python3-numpy

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger python3-slow5

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
arm64	381,6 ko	7 360,0 ko	[liste des fichiers]