Paquet : multiqc (1.21+dfsg-2)

[ Paquet source : multiqc  ]

output integration for RNA sequencing across tools and samples

The sequencing of DNA or RNA with current high-throughput technologies involves an array of tools and these are applied over a range of samples. It is easy to loose oversight. And gathering the data and forwarding them in a readable manner to the individuals who took the samples is a challenge for a tool in itself. Well. Here it is. MultiQC aggregates the output of multiple tools into a single report.

Reports are generated by scanning given directories for recognised log files. These are parsed and a single HTML report is generated summarising the statistics for all logs found. MultiQC reports can describe multiple analysis steps and large numbers of samples within a single plot, and multiple analysis tools making it ideal for routine fast quality control.

Autres paquets associés à multiqc

• dep: fonts-glyphicons-halflings

  icônes pour de petits graphismes

• dep: libjs-bootstrap

  HTML, CSS and JS framework

• dep: libjs-jquery

  JavaScript library for dynamic web applications

• dep: libjs-jquery-tablesorter

  jQuery flexible client-side table sorting plugin

• dep: libjs-jquery-ui

  bibliothèque d'interface utilisateur en JavaScript pour applications web dynamiques

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-click

  kit de création d’interface en ligne de commande – Python 3.x

• dep: python3-coloredlogs

  sortie colorée de terminal pour le module de connexion de Python 3

• dep: python3-humanfriendly

  Python3 library to make user friendly text interfaces

• dep: python3-humanize

  Python Humanize library (Python 3)

• dep: python3-importlib-metadata

  library to access the metadata for a Python package - Python 3.x

• dep: python3-jinja2

  small but fast and easy to use stand-alone template engine

• dep: python3-lzstring

  algorithme de compression basé sur LZ pour Python – version en Python 3

• dep: python3-markdown

  bibliothèque et outil de conversion texte vers HTML – version Python 3.x

• dep: python3-matplotlib

  système de traçage basé sur Python dans un style similaire à celui Matlab

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• dep: python3-packaging

  core utilities for python3 packages

• dep: python3-pil

  Python Imaging Library (Python3)

• dep: python3-plotly

  Python 3 plotting library for publication-quality graphs

• dep: python3-pyaml-env

  Python3 YAML configuration with environment variables parsing

• dep: python3-requests

  bibliothèque HTTP simple et élégante pour Python3, construite pour les êtres humains

• dep: python3-rich

  render rich text, tables, progress bars, syntax highlighting, markdown and more

• dep: python3-rich-click

  creating beautiful command line interfaces for Python3

• dep: python3-spectra

  Easy color scales and color conversion for Python (Python 3 version)

• dep: python3-yaml

  analyseur et générateur de code YAML pour Python3

• rec: libjs-filesaver

  Client-side, HTML5 library for saving local files

• rec: node-clipboard

  module de Node.js pour copier vers le presse-papiers sans flash

• rec: pandoc

  convertisseur général de balisage

• rec: texlive-xetex

  TeX Live : XeTeX et autres paquets

• enh: adapterremoval

  découpe d'adaptateur rapide, identification et fusion de lectures de séquences de gènes

• enh: afterqc

  Paquet indisponible

• enh: bamtools

  boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

• enh: bbmap

  BBTools genomic aligner and other tools for short sequences

• enh: bcftools

  appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF

• enh: bcl2fastq

  Paquet indisponible

• enh: biobambam2

  tools for early stage alignment file processing

• enh: biobloomtools

  Paquet indisponible

• enh: biscuit

  Paquet indisponible

• enh: bismark

  Paquet indisponible

• enh: bowtie

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• enh: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• enh: busco

  benchmarking sets of universal single-copy orthologs

• enh: clipandmerge

  Paquet indisponible

• enh: clusterflow

  Paquet indisponible

• enh: conpair

  Paquet indisponible

• enh: cutadapt

  Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

• enh: damageprofiler

  Paquet indisponible

• enh: dedup

  Paquet indisponible

• enh: deeptools

  Paquet indisponible

• enh: disambiguate

  Paquet indisponible

• enh: dragen

  Paquet indisponible

• enh: fastp

  Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor

• enh: fastq-screen

  Paquet indisponible

• enh: fastqc

  contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit

• enh: featurecounts

  Paquet indisponible

• enh: fgbio

  Paquet indisponible

• enh: flash

  Fast Length Adjustment of SHort reads

• enh: flexbar

  code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage

• enh: gatk

  Paquet indisponible

• enh: goleft-indexcov

  Paquet indisponible

• enh: happy

  création d’analyseurs syntaxiques pour Haskell

• enh: hicexplorer

  Paquet indisponible

• enh: hicpro

  Paquet indisponible

• enh: hicup

  Paquet indisponible

• enh: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• enh: homer

  Paquet indisponible

• enh: htseq

  Paquet indisponible

• enh: interop

  Paquet indisponible

• enh: ivar

  fonctions largement utiles pour le séquençage de virus basé sur les amplicons

• enh: jellyfish

  count k-mers in DNA sequences

• enh: kaiju

  Paquet indisponible

• enh: kallisto

  quantification RNA-seq presque optimale

• enh: kat

  Paquet indisponible

• enh: kraken

  assigning taxonomic labels to short DNA sequences

• enh: leehom

  Paquet indisponible

• enh: longranger

  Paquet indisponible

• enh: macs2

  Paquet indisponible

• enh: malt

  sequence alignment and analysis tool to process sequencing data

• enh: methylqa

  Paquet indisponible

• enh: minionqc

  Paquet indisponible

• enh: mirtop

  annotate miRNAs with a standard mirna/isomir naming

• enh: mirtrace

  Paquet indisponible

• enh: mosdepth

  calcul de couverture BAM/CRAM de séquençage biologique

• enh: mtnucratio

  Paquet indisponible

• enh: multivcfanalyzer

  Paquet indisponible

• enh: peddy

  Paquet indisponible

• enh: phantompeakqualtools

  Paquet indisponible

• enh: picard-tools

  outils en ligne de commande pour manipuler les fichiers SAM et BAM

• enh: preseq

  Paquet indisponible

• enh: prokka

  rapid annotation of prokaryotic genomes

• enh: pycoqc

  calcul de métriques et génération de tracés interactifs de chimie quantique

• enh: qorts

  Paquet indisponible

• enh: qualimap

  Paquet indisponible

• enh: quast

  Paquet indisponible

• enh: rna-seqc

  Paquet indisponible

• enh: rna-star

  aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq

• enh: rockhopper

  system for analyzing bacterial RNA-seq data

• enh: rsem

  RNA-Seq by Expectation-Maximization

• enh: rseqc

  Paquet indisponible

• enh: salmon

  wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

• enh: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• enh: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• enh: sargasso

  Paquet indisponible

• enh: seqyclean

  Paquet indisponible

• enh: sexdeterrmine

  Paquet indisponible

• enh: sickle

  outil de réduction adaptative à des fenêtres pour des fichiers FASTQ utilisant la qualité

• enh: skewer

  post-processing of high-throughput DNA sequence reads

• enh: slamdunk

  Paquet indisponible

• enh: snpeff

  genetic variant annotation and effect prediction toolbox - tool

• enh: snpsplit

  Paquet indisponible

• enh: somalier

  Paquet indisponible

• enh: sortmerna

  tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads

• enh: stacks

  pipeline for building loci from short-read DNA sequences

• enh: supernova

  Paquet indisponible

• enh: theta2

  Paquet indisponible

• enh: trimmomatic

  outil flexible de découpage de lecture pour les données Illumina NGS

• enh: varscan2

  Paquet indisponible

• enh: vcftools

  ensemble d'outils pour travailler avec les fichiers VCF

• enh: verifybamid

  Paquet indisponible

Télécharger multiqc

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	762,7 ko	4 027,0 ko	[liste des fichiers]