Paquet : r-bioc-edger (4.2.2+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-edger  ]

analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

Il s’agit d’un paquet de Bioconductor pour l’analyse différentielle des expressions de tout le séquençage du transcriptome (RNA-seq) et des profils numériques d’expressions de gène avec réplication biologique. Il utilise l’estimation empirique de Bayes et des tests exacts basés sur la loi binomiale négative. Il est aussi utile pour l’analyse différentielle de signaux avec d’autres types de données de dénombrement à l’échelle du génome.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::r, interface::commandline, Rôle: Programme

Autres paquets associés à r-bioc-edger

• dep: libblas3

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

  ou liblapack.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-limma (>= 3.41.5)

  modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

• dep: r-cran-locfit

  GNU R local regression, likelihood and density estimation

• dep: r-cran-rcpp

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• sug: r-bioc-annotationdbi

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

• sug: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  genome-wide annotation for Human

• sug: r-bioc-rhdf5

  BioConductor HDF5 interface to R

• sug: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• sug: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-matrix

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• sug: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• sug: r-cran-seuratobject

  GNU R data structures for single cell data

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 154,4 ko	1 520,0 ko	[liste des fichiers]