test d’hypothèses multiples basé sur le ré-échantillonnage de Bioconductor
Ce paquet concerne les procédures de bootstrap non paramétrique et de
tests de permutation multiple basé sur le ré-échantillonnage (incluant les
méthodes empiriques de Bayes) pour contrôler le taux d’erreur FEWR
(family-wise error rate), celui gFWER (generalized family-wise error
rate), la probabilité TPPFP (probabilité de queue de proportion de faux
positifs), le FDR (taux de fausses découvertes). Plusieurs choix de
distributions à hypothèse nulle basées sur bootstrap sont implémentés
(centré, centré et échelonné, transformé en quantile). Les méthodes par
simple pas ou pas à pas sont disponibles. Des tests basés sur une variété
de t- et F-statistics (incluant t-statistics basé sur des paramètres de
corrélation) sont fournis. Lors de l’examen d’hypothèses avec
t-statistics, l’utilisateur peut aussi choisir une distribution « nulle »
potentiellement plus rapide qui est normale multivariée avec moyenne zéro
et une matrice variance covariance dérivée de la fonction d’influence de
vecteur. Les résultats sont rapportés sous forme de valeurs-p ajustées, de
régions de confiance et de seuils de statistiques de test. Les procédures
sont directement applicables pour identifier de manière différentielle les
gènes exprimés dans des expériences de puce à ADN.
