Paquet : fastqtl (2.184+v7+dfsg-4 et autres) [debports]

[ Paquet source :  ]

mappage de LCQ (locus de caractères quantitatifs) dans cis pour les phénotypes moléculaires

Le but de FastQTL est d’identifier les polymorphismes d'un seul nucléotide (SNP) qui sont associés de façon significative avec différents phénotypes moléculaires (c.-à-d. l’expression de gènes connus, les niveaux de méthylation de la cytosine, etc). Il réalise des analyses pour toutes les paires phénotype-variante dans cis (c.-à-d. les variantes à l’intérieur d’une fenêtre particulière autour d’un phénotype). FastQTL met en œuvre un nouveau schéma de permutation (approximation Bêta) pour précisément et rapidement corriger les génotypes et phénotypes pendant des tests multiples.

Autres paquets associés à fastqtl

• dep: libblas3

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliothèque d'options de programmes pour C++

• dep: libc6.1 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: r-mathlib (>= 4.4.1)

  bibliothèque mathématique autonome de GNU R

• rec: r-cran-argparser

  GNU R command-line argument parser

• rec: r-cran-qvalue

  Paquet indisponible

• rec: r-cran-tools

  Paquet indisponible

• sug: fastqtl-doc

  QTL mapper in cis for molecular phenotypes - documentation

Télécharger fastqtl

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.184+v7+dfsg-4+b4	194,1 ko	793,0 ko	[liste des fichiers]