Paquet : atropos (1.1.32+dfsg-2) [debports]

[ Paquet source :  ]

Outil de taille de lecture NGS spécifique, sensible et rapide

Atropos est un outil pour la taille spécifique, sensible et rapide des lectures NGS. Il s'agit d'une reprise de la vénérable tailleuse à lecture Cutadapt, dont les principales améliorations sont :

  1. Prise en charge du multithreading, y compris un mode "écriture

parallèle" extrêmement rapide.

  2. Mise en œuvre d'un nouvel algorithme de taillage basé sur l'alignement

des inserts pour les lectures à deux extrémités, qui est nettement plus sensible et spécifique que l'algorithme d'alignement basé sur l'adaptateur Cutadapt d'origine. Cet algorithme permet également de corriger les décalages entre les parties des lectures qui se chevauchent.

  3. Options pour la taille de types spécifiques de données (miRNA,

bisulfite-seq).

  4. Une nouvelle commande ('detect') qui détectera les séquences

d'adaptateurs et autres contaminants potentiels.

  5. Une nouvelle commande ('error') qui permet d'estimer le taux d'erreur

de séquençage, ce qui aide à sélectionner les valeurs appropriées des paramètres d'adaptation et d'ajustement de la qualité.

  6. Une nouvelle commande ('qc') qui génère des statistiques de lecture

similaires à FastQC. La commande de taille peut également calculer les statistiques de lecture avant et après la taille (en utilisant l'option'--stats').

  7. Amélioration des rapports de synthèse, y compris la prise en charge à

la sérialisation formats (JSON, YAML, pickle), la prise en charge des modèles définis par l'utilisateur (via la dépendance optionnelle Jinja2), et intégration avec MultiQC.

  8. La possibilité de fusionner des lectures qui se chevauchent (c'est

expérimental et la fonctionnalité est limitée).

  9. La possibilité d'écrire le rapport de synthèse et les messages de log

dans des fichiers séparés.

 10. La possibilité de lire les fichiers SAM/BAM et de lire/écrire des

fichiers entrelacés FASTQ.

 11. Taillage direct des lectures depuis un accès SRA.
 12. Une barre de progression et d'autres améliorations mineures de

l'ergonomie.

Autres paquets associés à atropos

• dep: libc6.1 (>= 2.1.3)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• rec: python3-jinja2

  small but fast and easy to use stand-alone template engine

Télécharger atropos

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	204,6 ko	998,0 ko	[liste des fichiers]