Paquet : ataqv (1.3.1+ds-2 et autres) [debports]

[ Paquet source :  ]

contrôle de qualité et visualisation pour ATAC-seq

Il s’agit d’une boîte à outils pour mesurer et comparer les résultats d’ATAC-seq, mise au point dans le Laboratoire Parker de l’université du Michigan. Elle a été conçue pour aider à comprendre comment leurs évaluations d’ATAC-seq ont fonctionné et pour faciliter le repérage des différences qui ont pu être causées par leur préparations de bibliothèque ou le séquençage.

Autres paquets associés à ataqv

• dep: fonts-font-awesome

  fonte d'icônes à utiliser avec bootstrap de Twitter

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0)

  représentation⋅C++ d'intervalle de temps, de point temporel et d'horloges

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  opérations sur le système de fichiers (chemins portables, itération sur des répertoires,⋅etc.) en C++

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libc6.1 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjs-jquery

  JavaScript library for dynamic web applications

• dep: libjs-jquery-datatables

  jQuery plug-in that makes nice tables from different data sources

• dep: libjs-jquery-datatables-extensions

  extensions for the jQuery plug-in for tables from different data sources

• dep: libncurses6 (>= 6)

  Bibliothèques partagées pour l'utilisation d'un terminal

• dep: libstdc++6 (>= 14-20240127-1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: node-d3

  Data-Driven Documents to visualize data

• dep: node-normalize.css

  Modern alternative to CSS resets

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• sug: macs

  analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes

• sug: picard-tools

  outils en ligne de commande pour manipuler les fichiers SAM et BAM

• sug: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• sug: wget

  récupération de fichiers sur le réseau

Télécharger ataqv

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.3.1+ds-2+b3	3 279,1 ko	6 729,0 ko	[liste des fichiers]