Paquet : apbs (3.4.1-6) [debports]

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solveur adaptatif de Poisson Boltzmann

APBS est un paquet pour la résolution numérique de l'équation de Poisson-Boltzmann (PBE), un des modèles continus les plus populaires décrivant les interactions entre solutés moléculaires en milieu aqueux et salin. Le continuum électrostatique joue un rôle important dans plusieurs domaines de la simulation biomoléculaire, incluant :

 – la simulation des processus de diffusion pour déterminer les cinétiques
    de liaison ligand-protéine et protéine-protéine ;
 – la dynamique moléculaire de solvatation des biomolécules ;
 – le calcul de l'énergie de solvatation et de liaison pour déterminer
   les constantes d'équilibre de liaison ligand-protéine et
   protéine-protéine afin d'aider à la conception rationnelle de
   médicaments ;
 – les études de titration biomoléculaire.

APBS est conçu pour évaluer efficacement les propriétés électrostatiques pour de telles simulations dans un large spectre d'échelles de longueur pour permettre l'étude de molécules de dix à des millions d'atomes.

Ce paquet fournit de programme apbs et des utilitaires.

Autres paquets associés à apbs

• dep: apbs-data (= 3.4.1-6)

  fichiers de données pour APBS (solveur adaptatif de Poisson Boltzmann)

• dep: libamd3 (>= 1:7.0.1)

  bibliothèque de classement de degré minimal approximatif pour matrices creuses

• dep: libapbs3t64 (= 3.4.1-6)

  solveur adaptatif de Poisson Boltzmann

• dep: libarpack2t64 (>= 2.1)

  sous-routines Fortran77 pour résoudre des problèmes de valeur propre à grande échelle

• dep: libblas3

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6.1 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libcamd3 (>= 1:7.0.1)

  bibliothèque de classement de degré minimal approximatif symétrique pour matrices creuses

• dep: libccolamd3 (>= 1:7.0.1)

  bibliothèque d'approximation de colonnes avec contraintes pour les matrices creuses

• dep: libcholmod5 (>= 1:7.3.1)

  sparse Cholesky factorization library for sparse matrices

• dep: libcolamd3 (>= 1:7.0.1)

  column approximate minimum degree ordering library for sparse matrices

• dep: libfetk1.9t64 (>= 3.4.1)

  FETK libraries for APBS (shared libraries)

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libjs-mathjax

  JavaScript display engine for LaTeX and MathML

• dep: libmaloc1 (>= 0.2-1)

  Object-oriented Abstraction Layer for C

• dep: libopenmpi3t64 (>= 5.0.5)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libspqr4 (>= 1:7.8.3+dfsg)

  sparse QR factorization library

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libsuitesparseconfig7 (>= 1:7.0.1)

  configuration routines for all SuiteSparse modules

• dep: libsuperlu7 (>= 7.0.0+dfsg1)

  Direct solution of large, sparse systems of linear equations

• dep: libumfpack6 (>= 1:7.0.1)

  sparse LU factorization library

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	77,3 ko	1 252,0 ko	[liste des fichiers]