Paquet : beast-mcmc (1.10.4+dfsg-5)

[ Paquet source : beast-mcmc  ]

inférence phylogénétique bayésienne MCMC

BEAST est un programme multiplateforme pour l'analyse bayésienne MCMC de séquences moléculaires. Il est entièrement orienté vers les phylogénies à racine et mesurées dans le temps inférées avec des modèles d'horloge (« clock ») stricts ou relâchés. Il peut servir de méthode de reconstruction de phylogénies mais est également un environnement pour tester des hypothèses évolutionnaires sans poser de condition sur la topologie de l'arbre. BEAST utilise MCMC pour balancer la taille de l'arbre, afin que chaque arbre soit pondéré proportionnellement à sa probabilité postérieure. Une interface utilisateur simple à utilisée est incluse pour configurer les analyses standard, ainsi qu'une suite de programmes pour analyser les résultats.

Autres paquets associés à beast-mcmc

• dep: default-jre

  environnement d'exécution Java standard ou compatible

  ou java6-runtime

  paquet virtuel fourni par default-jre, openjdk-11-jre, openjdk-17-jre, openjdk-19-jre, openjdk-20-jre, openjdk-21-jre, openjdk-22-jre, openjdk-23-jre, openjdk-8-jre

• dep: junit4

  cadriciel de tests de régression pour Java

• dep: libcolt-free-java

  scalable scientific and technical computing in Java

• dep: libcommons-math-java

  Java lightweight mathematics and statistics components

• dep: libhmsbeagle-java

  High-performance lib for Bayesian and Maximum Likelihood phylogenetics (java)

• dep: libitext1-java

  Java Library to generate PDF on the Fly

• dep: libjam-java

  Java applications look and behave like native applications

• dep: libjdom1-java

  lightweight and fast library using XML

• dep: libjebl2-java

  Java Evolutionary Biology Library

• dep: libmpj-java

  Java library for parallel applications for multicore processors and clusters

• dep: libmtj-java

  Java library for developing numerical applications

• dep: libnetlib-java

  collection of mission-critical software components for linear algebra systems

• dep: libnucleotidelikelihoodcore0 (<< 1.10.4+dfsg-5.1~)

  implémentation de LikelihoodCore pour les nucléotides utilisée par beast-mcmc

  dep: libnucleotidelikelihoodcore0 (>= 1.10.4+dfsg-5)

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