Paquet : khmer (3.0.0~a3+dfsg-9~0exp et autres)

[ Paquet source : khmer  ]

Paquet « expérimental »

Avertissement : ce paquet appartient à la distribution expérimentale. Cela signifie qu'il peut être instable ou bogué et peut éventuellement causer des pertes de données. Assurez-vous de consulter le journal des modifications (changelog) et les autres documentations existantes avant de l'utiliser.

comptage k-mer, filtrage et parcours de graphe de séquences d’ADN en mémoire vive

Khmer est une bibliothèque et un ensemble d’outils en ligne de commande pour travailler sur le séquençage d’ADN. Il vise en premier lieu les données de séquençage « short read » telles que produites par la plateforme Illumina. Khmer utilise une approche basée sur k-mer pour l’analyse de séquences, d’où son nom.

Étiquettes: Biologie: Fasta/Pearson, Acides nucléiques, Domaine: field::biology, field::biology:bioinformatics, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, implemented-in::python, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::program, use::analysing, But: Comparaison, Filtrage

Autres paquets associés à khmer

• dep: khmer-common

  fichiers communs pour les outils du projet khmer

• dep: libbz2-1.0

  Bibliothèque de compression de fichiers (tri de block haute qualité)

• dep: libc6 (>= 2.38)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-screed

  short nucleotide read sequence utils in Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger khmer

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	3.0.0~a3+dfsg-9~0exp+b1	7 061,4 ko	40 948,0 ko	[liste des fichiers]