Paquet : cnvkit (0.9.10-3~0exp0)

[ Paquet source : cnvkit  ]

Paquet « expérimental »

Avertissement : ce paquet appartient à la distribution expérimentale. Cela signifie qu'il peut être instable ou bogué et peut éventuellement causer des pertes de données. Assurez-vous de consulter le journal des modifications (changelog) et les autres documentations existantes avant de l'utiliser.

Copy number variant detection from targeted DNA sequencing

A command-line toolkit and Python library for detecting copy number variants and alterations genome-wide from targeted DNA sequencing. It is designed for use with hybrid capture, including both whole-exome and custom target panels, and short-read sequencing platforms such as Illumina and Ion Torrent.

Autres paquets associés à cnvkit

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-matplotlib

  système de traçage basé sur Python dans un style similaire à celui Matlab

• dep: python3-numpy

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-pandas

  structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »

• dep: python3-pomegranate

  modélisation probabiliste rapide, flexible et facile à utiliser

• dep: python3-pyfaidx

  efficient random access to fasta subsequences for Python 3

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-reportlab

  bibliothèque ReportLab pour créer des documents PDF en utilisant Python3

• dep: python3-scipy

  outils scientifiques pour Python 3

• dep: python3-sklearn

  Python modules for machine learning and data mining - Python 3

• dep: r-bioc-dnacopy (>= 1.78.0)

  paquet de R : analyse des données de nombre de copies d'ADN

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	19 048,0 ko	94 731,0 ko	[liste des fichiers]