Paquet : beast2-mcmc (2.5.1+dfsg-2)

[ Paquet source : beast2-mcmc  ]

inférence phylogénétique bayésienne MCMC

BEAST est un programme multiplateforme pour l'analyse bayésienne MCMC de séquences moléculaires. Il est entièrement orienté vers les phylogénies à racine et mesurées dans le temps inférées avec des modèles d'horloge (« clock ») stricts ou relâchés. Il peut servir de méthode de reconstruction de phylogénies mais est également un environnement pour tester des hypothèses évolutionnaires sans poser de condition sur la topologie de l'arbre. BEAST utilise MCMC pour balancer la taille de l'arbre, afin que chaque arbre soit pondéré proportionnellement à sa probabilité postérieure. Une interface utilisateur simple à utilisée est incluse pour configurer les analyses standard, ainsi qu'une suite de programmes pour analyser les résultats.

Il ne s'agit pas d'une nouvelle version amont de beast-mcmc (version 1.x) mais plutôt d'une réécriture.

Autres paquets associés à beast2-mcmc

• dep: default-jre

  environnement d'exécution Java standard ou compatible

  ou java9-runtime

  paquet virtuel fourni par default-jre, openjdk-11-jre

• dep: libhmsbeagle-java (>= 1.1r1092)

  High-performance lib for Bayesian and Maximum Likelihood phylogenetics (java)

• dep: libjam-java

  Java applications look and behave like native applications

• sug: beast2-mcmc-doc

  inférence phylogénétique bayésienne MCMC – documentation

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	2 199,2 ko	2 724,0 ko	[liste des fichiers]