Paquet : roary (3.12.0+dfsg-2)

[ Paquet source : roary  ]

pipeline de pangénome autonome et très rapide

Roary est un pipeline de pangénome autonome et très rapide, prenant des assemblages annotés au format GFF3 (comme produits, par exemple, par Prokka) et calculant le pangénome. En utilisant un ordinateur de bureau courant, il est possible d’analyser des ensembles de données ayant des milliers d’échantillons, chose infaisable de manière informatique avec les méthodes existantes, et ce sans compromettre la qualité des résultats. 128 échantillons peuvent être analysés en une heure et avec un gigaoctet de RAM et un processeur unique. Pour réaliser cette analyse, l’utilisation des méthodes existantes prendrait des semaines et demanderait des centaines de gigaoctets de RAM. Roary n’est pas prévu pour la métagénomique ou pour comparer des ensembles extrêmement divers de génomes.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::perl, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::analysing, use::comparing

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