Paquet : python-pyfaidx (0.5.5.2-1)

[ Paquet source : python-pyfaidx  ]

efficient random access to fasta subsequences for Python

Samtools provides a function "faidx" (FAsta InDeX), which creates a small flat index file ".fai" allowing for fast random access to any subsequence in the indexed FASTA file, while loading a minimal amount of the file in to memory. This Python module implements pure Python classes for indexing, retrieval, and in-place modification of FASTA files using a samtools compatible index. The pyfaidx module is API compatible with the pygr seqdb module. A command-line script "faidx" is installed alongside the pyfaidx module, and facilitates complex manipulation of FASTA files without any programming knowledge.

This package provides the Python 2 modules to access fasta files.

Autres paquets associés à python-pyfaidx

• dep: python

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)

• dep: python-pkg-resources

  découverte de paquets et accès aux ressources avec pkg_resources

• dep: python-six

  bibliothèque de compatibilité Python⋅2 et⋅3 –⋅interface Python⋅2

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	23,3 ko	112,0 ko	[liste des fichiers]