Paquet : r-bioc-biomart (2.38.0+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-biomart  ]

interface de GNU R aux bases de données BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase et Gramene)

Depuis ces dernières années, une foule de données biologiques sont devenues disponibles dans des dépôts publics de données. Un accès aisé à ces ressources précieuses de données et une incorporation solide avec l’analyse des données est nécessaire pour une analyse intégrale des données de bioinformatique. biomaRt fournit une interface à une collection croissante de bases de données mettant en œuvre la suite logicielle BioMart (http://www.biomart.org). Ce paquet permet de récupérer de grandes quantités de données de manière uniforme sans avoir besoin de comprendre les schémas sous-jacents de base de données ou d’écrire des requêtes SQL complexes. Des exemples de bases de données BioMart sont Ensembl, COSMIC, Uniprot, HGNC, Gramene, Wormbase et dbSNP mappé à Ensembl. Ces bases de données majeures procurent aux utilisateurs de biomaRt un accès direct à divers ensembles de données et permettent une large variété de requêtes en ligne puissantes, de l’annotation de gène à l’exploration de données.

Autres paquets associés à r-bioc-biomart

• dep: r-api-3.5

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-base-core (>= 3.5.1-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-annotationdbi

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

• dep: r-cran-httr

  GNU R tools for working with URLs and HTTP

• dep: r-cran-progress

  barres de progression pour terminaux pour GNU R

• dep: r-cran-rcurl

  GNU R General network (HTTP/FTP/...) client interface

• dep: r-cran-stringr

  Make it easier to work with strings

• dep: r-cran-xml

  paquet de GNU R pour la génération et analyse d’XML

• sug: r-bioc-annotate

  BioConductor annotation for microarrays

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
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