Paquet : med-bio (3.3)

[ Paquet source : debian-med  ]

paquets de bio-informatique de Debian Med

Ce métapaquet installera des paquets Debian utiles en biologie moléculaire, biologie structurale et d’autres sciences biologiques.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Rôle: Méta-paquet, Ensemble d'application: Debian

Autres paquets associés à med-bio

• dep: med-config (= 3.3)

  paquet de configuration générale de Debian Med

• dep: med-tasks (= 3.3)

  Paquets bio-informatiques pour tasksel

• rec: abacas

  fermeture d'espaces dans des alignements génomiques depuis des lectures courtes

• rec: abyss

  assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes

• rec: acedb-other

  Récupération d'ADN ou de séquences de protéines

• rec: adapterremoval

  découpe d'adaptateur rapide, identification et fusion de lectures de séquences de gènes

• rec: adun-core

  simulateur moléculaire

• rec: aegean

  boîte d’amalgame d’outils d'analyse de génome

• rec: aevol

  modèle numérique de génétique pour lancer des expériences d'évolution in silico

• rec: alien-hunter

  Distribution des motifs d'ordre variable (IVOM) pour identifier l'ADN acquis par transfert horizontal

• rec: alter-sequence-alignment

  environnement de transformation d'alignements de séquences génomiques

• rec: altree

  programme pour faire de l'association basée sur la phylogénétique et l'analyse de localisation

• rec: amap-align

  alignement multiple de séquences protéiques par appariement

• rec: ampliconnoise

  suppression du bruit pour les amplicons PCR séquencés 454

• rec: andi

  estimation efficace de distances d'évolution

• rec: anfo

  aligneur/mappeur de lectures courtes à partir de MPG

• rec: aragorn

  détection ARNt et ARNtm dans les séquences de nucléotides

• rec: arden

  contrôle de spécificité pour les alignements de lecture utilisant une référence artificielle

• rec: ariba

  identification de résistance antibiotique par assemblage

• rec: art-nextgen-simulation-tools

  outils de simulation pour créer des lectures de séquençage synthétiques de nouvelle génération

• rec: artemis

  navigateur de génome et outil d'annotation

• rec: artfastqgenerator

  création de fichiers FASTQ artificiels dérivés d'un génome de référence

• rec: assemblytics

  détection et analyse de variantes structurelles à partir d’un assemblage de génome

• rec: atac

  comparaison de génomes d'assemblage en assemblage

• rec: augustus

  prédiction de gènes dans les génomes eucaryotes

• rec: autodock

  Analyse de liaison de ligand à la structure d'une protéine

• rec: autodock-vina

  chargement de petites molécules jusqu'aux protéines

• rec: autogrid

  Pré-calculer les liaisons de ligands à leur récepteur

• rec: avogadro

  système de modélisation et d'imagerie moléculaire

• rec: axe-demultiplexer

  démultiplexeur de lecture de séquence ADN basé sur les arbres préfixes

• rec: baitfisher

  paquet logiciel de conception de sondes d'enrichissement hybrides

• rec: bali-phy

  inférence bayésienne d’alignement et de phylogénie

• rec: ballview

  modélisation moléculaire (libre) et outil graphique moléculaire

• rec: bamtools

  boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

• rec: bandage

  navigation simple dans les graphes d’assemblage De novo

• rec: barrnap

  prédiction ribosomale rapide d'ARN

• rec: bcbio

  boîte à outils d’analyse de données de séquençage à haut débit

• rec: bcftools

  appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF

• rec: beads

  détection par électrophorèse bidimensionnelle de tâche d’images de gel

• rec: beagle

  appel de génotype, phasage de génotype et attribution de marqueurs non génotypés

• rec: beast-mcmc

  inférence phylogénétique bayésienne MCMC

• rec: beast2-mcmc

  inférence phylogénétique bayésienne MCMC

• rec: bedops

  opérations génomiques à haute performance

• rec: bedtools

  suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

• rec: belvu

  visualisateur d’alignements de séquences multiples et outil phylogénétique

• rec: berkeley-express

  quantification de streaming pour le séquençage à taux élevé

• rec: bio-eagle

  phasage d'haplotype au sein d'une cohorte génotypée ou grâce à un panel phasé de référence

• rec: bio-rainbow

  partitionnement et assemblage de séquences courtes pour la bio-informatique

• rec: bio-tradis

  analyse des sorties d'analyses TraDIS de séquences de génomes

• rec: biosyntax

  coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – métapaquet

• rec: bitseq

  inférence bayésienne de transcripts à partir de données de séquençage

• rec: blasr

  correspondance de lectures de séquençage de molécules simples

• rec: blixem

  navigateur interactif d’alignements de séquences

• rec: bolt-lmm

  test efficace d’association de modèles mixtes bayésiens sur tout le génome de grandes cohortes

• rec: bowtie

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• rec: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• rec: boxshade

  Rendu élégant d'alignements multiples de séquences

• rec: bppphyview

  afficheur phylogénétique pour Bio++

• rec: bppsuite

  suite de programmes Bio++

• rec: brig

  générateur d'images circulaires BLAST

• rec: bwa

  dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

• rec: canu

  assembleur de séquences de molécules simples pour les génomes

• rec: cassiopee

  outil d'indexation et de recherche dans les séquences génomiques

• rec: cct

  comparaison visuelle de séquences bactériennes, de plasmides, de chloroplastes ou mitochondriales

• rec: cd-hit

  suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences

• rec: cdbfasta

  indexation avec Constant DataBase et outils de recherche pour les fichiers multi-FASTA

• rec: centrifuge

  système rapide et économe en mémoire de classification de séquences ADN

• rec: cgview

  visionneuse de génome circulaire

• rec: changeo

  boîte à outils d’affectation clonale de répertoire – Python 3

• rec: chimeraslayer

  détecte les simili-chimères dans les ADN amplifiés via réaction en chaîne par polymérase

• rec: chromhmm

  découverte et caractérisation d’état de chromatine

• rec: chromimpute

  attribution d’épigénome systématique à grande échelle

• rec: circlator

  circularisation d'assemblages de génomes

• rec: circos

  outil de dessin pour visualiser des données

• rec: clearcut

  reconstruction d'arbre phylogénétique extrêmement efficace

• rec: clonalframe

  inférence de microévolution bactérienne en utilisant des données de séquence multilocus

• rec: clonalframeml

  inférence efficace de recombinaison de génomes de bactéries entières

• rec: clonalorigin

  inférence de recombinaison homologue dans les bactéries grâce à des séquences de génomes entiers

• rec: clustalo

  programme à usage général d'alignement de plusieurs séquences pour les protéines

• rec: clustalw

  alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

• rec: clustalx

  alignement multiple de séquences d'acides nucléiques et de protéines - interface graphique

• rec: cnvkit

  Copy number variant detection from targeted DNA sequencing

• rec: codonw

  analyse de correspondance d'utilisation de codon

• rec: concavity

  prédicteur de sites de liaisons de ligands de la protéine à partir de la structure et de la conservation

• rec: conservation-code

  outil de notation de la conservation des séquences de protéines

• rec: crac

  integrated RNA-Seq read analysis

• rec: csb

  Computational Structural Biology Toolbox (CSB)

• rec: cutadapt

  Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

• rec: daligner

  alignements locaux parmi des lectures longues de séquençages de nucléotide

• rec: datamash

  outil de statistiques pour interface en ligne de commande

• rec: dawg

  simulate the evolution of recombinant DNA sequences

• rec: dazzdb

  manage nucleotide sequencing read data

• rec: deepnano

  alternative basecaller for MinION reads of genomic sequences

• rec: delly

  découverte de variantes structurelles par analyse des lectures

• rec: dialign

  alignement de plusieurs séquences par segments

• rec: dialign-tx

  alignement séquentiel multiple basé sur les segments

• rec: diamond-aligner

  aligneur de séquence locale accéléré compatible avec BLAST

• rec: dindel

  determines indel calls from short-read data

• rec: discosnp

  détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures

• rec: disulfinder

  prédiction de pont disulfure et de leur connectivité

• rec: dnaclust

  outil de regroupement de millions de séquences courtes d’ADN

• rec: dotter

  comparaison détaillée de deux séquences génétiques

• rec: dssp

  affectation de la structure secondaire de la protéine basée sur la structure en 3D

• rec: dwgsim

  simulateur de lectures courtes de séquençage

• rec: e-mem

  calcul efficace des MEM pour de très grands génomes

• rec: ea-utils

  command-line tools for processing biological sequencing data

• rec: ecopcr

  estimate PCR barcode primers quality

• rec: edtsurf

  surfaces de maillage triangulaire pour les structures de protéines

• rec: eigensoft

  reduction of population bias for genetic analyses

• rec: elph

  DNA/protein sequence motif finder

• rec: embassy-domainatrix

  commandes supplémentaires EMBOSS pour manipuler un fichier de classification de domaines

• rec: embassy-domalign

  commandes EMBOSS additionnelles pour l'alignement dans le domaine des protéines

• rec: embassy-domsearch

  commandes supplémentaires EMBOSS pour la recherche dans les domaines de la protéine

• rec: emboss

  ensemble de logiciels libres pour la biologie moléculaire européenne

• rec: estscan

  détecteur indépendant du cadre de lecture ouvert pour les séquences codantes d’ADN

• rec: examl

  code Exascale Maximum Likelihood (ExaML) pour l’inférence phylogénétique

• rec: exonerate

  outil générique pour la comparaison de deux séquences

• rec: fastahack

  utility for indexing and sequence extraction from FASTA files

• rec: fastaq

  outils de manipulation de fichiers FASTA ou FASTQ

• rec: fastdnaml

  outil pour la construction d'arbres phylogénétiques de séquences d'ADN

• rec: fastlink

  version plus rapide des programmes de généalogie génétique Linkage

• rec: fastml

  reconstruction d’ancestrales séquences d’acide aminé par maximum de vraisemblance

• rec: fastp

  Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor

• rec: fastqc

  contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit

• rec: fastqtl

  mappage de LCQ (locus de caractères quantitatifs) dans cis pour les phénotypes moléculaires

• rec: fasttree

  arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

• rec: fastx-toolkit

  outils de prétraitement des lectures de nucléotides courts aux formats FASTQ/A

• rec: ffindex

  index/base de données simple pour d'énormes quantités de petits fichiers

• rec: figtree

  visionneuse d'arbres phylogénétiques sous forme graphique

• rec: fitgcp

  fitting genome coverage distributions with mixture models

• rec: flexbar

  code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage

• rec: fml-asm

  outil pour l’assemblage Illumina de lectures courtes pour de petites régions

• rec: freebayes

  détection bayésienne de polymorphismes basée sur les haplotypes et génotypage

• rec: freecontact

  prédicteur rapide de contact de protéine

• rec: fsa

  Fast Statistical Alignment of protein, RNA or DNA sequences

• rec: fsm-lite

  frequency-based string mining (lite)

• rec: gamgi

  interface graphique de modélisation atomique générale (GAMGI)

• rec: garli

  phylogenetic analysis of molecular sequence data using maximum-likelihood

• rec: garlic

  logiciel de visualisation de biomolécules

• rec: gasic

  genome abundance similarity correction

• rec: gatb-core

  boite à outils génomique avec le graphe de de Bruijn

• rec: gbrowse

  navigateur de génome générique GMOD

• rec: gdpc

  Visualisateur de simulations de dynamique moléculaire

• rec: gemma

  Genome-wide Efficient Mixed Model Association

• rec: genometester

  boîte à outils pour réaliser des opérations d’ensembles sur des listes de k-mères

• rec: genometools

  boîte à outils polyvalente d'analyse du génome

• rec: gentle

  ensemble de logiciels pour planifier le clonage génétique

• rec: gff2aplot

  tracés d'alignements par paires pour les séquences génomiques avec PostScript

• rec: gff2ps

  Produit des graphiques PostScript à partir de fichiers GFF

• rec: ghemical

  environnement de modélisation moléculaire sous GNOME

• rec: ghmm

  General Hidden-Markov-Model library - tools

• rec: giira

  RNA-Seq driven gene finding incorporating ambiguous reads

• rec: glam2

  motifs de protéines lacunaires de séquences non alignées

• rec: grabix

  wee tool for random access into BGZF files

• rec: graphlan

  circular representations of taxonomic and phylogenetic trees

• rec: grinder

  simulateur polyvalent de lecture de séquençage global et d'amplicon omiques

• rec: gromacs

  Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation

• rec: gubbins

  phylogenetic analysis of genome sequences

• rec: gwama

  Genome-Wide Association Meta Analysis

• rec: harvest-tools

  archivage et post-traitement d’alignements multiples génomiques « reference-compressed »

• rec: hhsuite

  recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM

• rec: hilive

  alignement en temps réel des lectures Illumina

• rec: hinge

  assembleur de lectures longues de génome basé sur des « pivots »

• rec: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• rec: hmmer

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

• rec: hmmer2

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

• rec: hyphy-mpi

  Hypothesis testing using Phylogenies (MPI version)

  ou hyphy-pt

  Hypothesis testing using Phylogenies (pthreads version)

• rec: idba

  iterative De Bruijn Graph short read assemblers

• rec: igor

  infers V(D)J recombination processes from sequencing data

• rec: indelible

  powerful and flexible simulator of biological evolution

• rec: infernal

  inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN

• rec: ipig

  intégration de PSM dans des visualisations de navigateur de génome

• rec: iqtree

  logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance

• rec: iva

  assemblage itératif de séquences virales

• rec: jaligner

  algorithme de Smith-Waterman avec l'amélioration de Gotoh

• rec: jellyfish

  count k-mers in DNA sequences

• rec: jellyfish1

  count k-mers in DNA sequences

• rec: jmodeltest

  sélection par calculs intensifs de modèle de substitution de nucléotide

• rec: jmol

  visualisateur moléculaire

• rec: kalign

  Alignement séquentiel multiple global et progressif

• rec: khmer

  comptage k-mer, filtrage et parcours de graphe de séquences d’ADN en mémoire vive

• rec: kineticstools

  détection de modification d’ADN

• rec: king-probe

  évaluation et visualisation de compacité interatomique de protéines

• rec: kissplice

  détection de diverses sortes de polymorphismes dans les données du séquençage de l'ARN

• rec: kmc

  décompte de k-mers dans des séquences de génome

• rec: kmer

  suite of tools for DNA sequence analysis

• rec: kraken

  assigning taxonomic labels to short DNA sequences

• rec: lagan

  alignement global de séquences génomiques par paire, hautement paramétrable

• rec: lamarc

  analyse de vraisemblance avec l’algorythme de Metropolis en utilisant la théorie de la coalescence

• rec: lambda-align

  aligneur local pour des données biologiques massives

• rec: lambda-align2

  Local Aligner for Massive Biological DatA - v2

• rec: last-align

  comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome

• rec: leaff

  biological sequence library utilities and applications

• rec: lefse

  determine features of organisms, clades, taxonomic units, genes

• rec: librg-utils-perl

  analyseurs syntaxiques et les utilitaires de conversion de format, utilisés par profphd

• rec: libvcflib-tools

  C++ library for parsing and manipulating VCF files (tools)

• rec: logol

  Pattern matching tool using Logol language

• rec: loki

  analyse de déséquilibre de liaison avec des chaînes de Markov

• rec: ltrsift

  post-traitement et classification de rétrotransposons LTR

• rec: lucy

  DNA sequence quality and vector trimming tool

• rec: macs

  analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes

• rec: macsyfinder

  detection of macromolecular systems in protein datasets

• rec: maffilter

  process genome alignment in the Multiple Alignment Format

• rec: mafft

  programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

• rec: mapdamage

  tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences

• rec: mapsembler2

  bioinformatics targeted assembly software

• rec: maq

  correspondance de lectures de séquences d'ADN polymorphique de longueur courte à des séquences de référence

• rec: maqview

  graphical read alignment viewer for short gene sequences

• rec: mash

  estimation rapide de distance entre génomes et métagénomes utilisant MinHash

• rec: mauve-aligner

  multiple genome alignment

• rec: melting

  calcule la température de fusion de duplex d'acide nucléique

• rec: meryl

  in- and out-of-core kmer counting and utilities

• rec: metaphlan2

  Metagenomic Phylogenetic Analysis

• rec: metastudent

  predictor of Gene Ontology terms from protein sequence

• rec: mhap

  locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps

• rec: microbegps

  outil d’investigation pour le profilage taxonomique de données métagénomiques

• rec: microbiomeutil

  utilitaires d'analyse de microbiome

• rec: minia

  short-read biological sequence assembler

• rec: miniasm

  assembleur de novo très rapide pour des lectures longues de séquences d’ADN bruitées

• rec: minimac4

  Fast Imputation Based on State Space Reduction HMM

• rec: minimap

  correspondances approximatives de longues séquences biologiques telles que les lectures d’ADN

• rec: minimap2

  versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

• rec: mipe

  Outil de sauvegarde de données dérivées de PCR

• rec: mira-assembler

  assembleur de séquences génomiques exprimées utilisant la méthode globale

• rec: mlv-smile

  Find statistically significant patterns in sequences

• rec: mothur

  ensemble pour analyse de séquences pour la recherche sur le microbiome

• rec: mptp

  single-locus species delimitation

• rec: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• rec: mummer

  Alignement de séquence efficace de génomes complets

• rec: murasaki

  homology detection tool across multiple large genomes

  ou murasaki-mpi

  homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

• rec: muscle

  Programme d'alignements multiples de séquences de protéine

• rec: mustang

  alignement structurel multiple de protéines

• rec: nanook

  pre- and post-alignment analysis of nanopore sequencing data

• rec: nanopolish

  identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

• rec: nast-ier

  NAST-based DNA alignment tool

• rec: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• rec: ncbi-blast+-legacy

  script d’appel de legacy de BLAST du NCBI

• rec: ncbi-entrez-direct

  NCBI Entrez utilities on the command line

• rec: ncbi-epcr

  outil pour vérifier la présence d'un marqueur dans une séquence d'ADN

• rec: ncbi-seg

  tool to mask segments of low compositional complexity in amino acid sequences

• rec: ncbi-tools-bin

  bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires en mode texte

• rec: ncbi-tools-x11

  bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires⋅X

• rec: ncl-tools

  outil pour traiter avec les fichiers NEXUS

• rec: ncoils

  prédiction de structure secondaire de superhélice

• rec: neobio

  calcul d'alignements de séquences d'acides aminés et de nucléotides

• rec: njplot

  programme de dessin d’arbre phylogénétique

• rec: norsnet

  tool to identify unstructured loops in proteins

• rec: norsp

  predictor of non-regular secondary structure

• rec: obitools

  programmes d’analyse de données NGS dans un contexte de barcoding moléculaire

• rec: openms

  package for LC/MS data management and analysis

• rec: pal2nal

  converts proteins to genomic DNA alignment

• rec: paleomix

  pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data

• rec: paml

  PAML – analyse de phylogenèse par maximum de vraisemblance

• rec: paraclu

  Parametric clustering of genomic and transcriptomic features

• rec: parsinsert

  insertion parcimonieuse de séquences non classifiées dans des arbres phylogénétiques

• rec: parsnp

  rapid core genome multi-alignment

• rec: patman

  rapid alignment of short sequences to large databases

• rec: pbalign

  map Pacific Biosciences reads to reference DNA sequences

• rec: pbbarcode

  annotate PacBio sequencing reads with barcode information

• rec: pbdagcon

  sequence consensus using directed acyclic graphs

• rec: pbgenomicconsensus

  Pacific Biosciences variant and consensus caller

• rec: pbh5tools

  tools for manipulating Pacific Biosciences HDF5 files

• rec: pbhoney

  genomic structural variation discovery

• rec: pbjelly

  genome assembly upgrading tool

• rec: pbsim

  simulateur pour les lectures de séquences de PacBio

• rec: pbsuite

  software for Pacific Biosciences sequencing data

• rec: pdb2pqr

  Preparation of protein structures for electrostatics calculations

• rec: perlprimer

  Conception graphique d'amorce de PCR

• rec: perm

  efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds

• rec: pftools

  construction et recherche de profils généralisés de protéine et d’ADN

• rec: phast

  phylogenetic analysis with space/time models

• rec: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• rec: phybin

  binning/clustering newick trees by topology

• rec: phylip

  paquet de programmes pour déduire les phylogénies

• rec: phyml

  estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

• rec: physamp

  sample sequence alignment corresponding to phylogeny

• rec: phyutility

  simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices

• rec: phyx

  UNIX-style phylogenetic analyses on trees and sequences

• rec: picard-tools

  outils en ligne de commande pour manipuler les fichiers SAM et BAM

• rec: piler

  genomic repeat analysis

• rec: pilon

  automated genome assembly improvement and variant detection tool

• rec: pirs

  Profile based Illumina pair-end Reads Simulator

• rec: placnet

  Plasmid Constellation Network project

• rec: plasmidomics

  dessin de plasmides et de vecteurs avec export de graphiques en PostScript

• rec: plasmidseeker

  identification of known plasmids from whole-genome sequencing reads

• rec: plast

  Parallel Local Sequence Alignment Search Tool

• rec: plink

  outils d'analyse d'associations sur le génome entier

• rec: plink1.9

  outils d'analyse d'associations sur le génome entier

• rec: plip

  fully automated protein-ligand interaction profiler

• rec: poa

  alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences

• rec: populations

  logiciel de génétique de populations

• rec: porechop

  adapter trimmer for Oxford Nanopore reads

• rec: poretools

  toolkit for nanopore nucleotide sequencing data

• rec: prank

  Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

• rec: predictnls

  prédiction et analyse de signaux de localisation nucléaire de protéines

• rec: predictprotein

  suite of protein sequence analysis tools

• rec: prime-phylo

  bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

• rec: primer3

  outil de choix d'amorces l'amplification d'ADN

• rec: proalign

  logiciel d'alignements de multiples séquences probabilistes

• rec: probabel

  Toolset for Genome-Wide Association Analysis

• rec: probalign

  alignement de séquences multiples en utilisant les probabilités à postériori de la fonction de partition

• rec: probcons

  alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste

• rec: proda

  Alignement multiple de séquences protéiques

• rec: prodigal

  Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

• rec: profbval

  prédicteur des résidus de protéine flexibles/rigides à partir d'une séquence

• rec: profisis

  prédiction des sites d'interaction protéine-protéine à partir d'une séquence

• rec: profnet-bval

  architecture de réseaux de neurones pour profbval

• rec: profnet-chop

  architecture de réseaux de neurones pour profchop

• rec: profnet-con

  architecture de réseaux de neurones pour profcon

• rec: profnet-isis

  architecture de réseaux de neurones pour profisis

• rec: profnet-md

  architecture de réseaux de neurones pour le paquet metadisorder

• rec: profnet-norsnet

  neural network architecture for norsnet

• rec: profnet-prof

  architecture de réseau neuronal pour profacc

• rec: profnet-snapfun

  neural network architecture for snapfun

• rec: profphd

  secondary structure and solvent accessibility predictor

• rec: profphd-net

  architecture de réseaux de neurones pour le paquet profphd

• rec: profphd-utils

  utilitaires d’assistance de profphd, convert_seq et filter_hssp

• rec: proftmb

  per-residue prediction of bacterial transmembrane beta barrels

• rec: progressivemauve

  multiple genome alignment algorithms

• rec: proteinortho

  Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

• rec: prottest

  selection of best-fit models of protein evolution

• rec: pscan-chip

  ChIP-based identifcation of TF binding sites

• rec: pscan-tfbs

  search for transcription factor binding sites

• rec: psortb

  outil de prédiction de localisation bactérienne

• rec: pycorrfit

  outil pour l’ajustement de courbes de corrélation sur un tracé logarithmique

• rec: pymol

  système de graphismes moléculaires

• rec: pynast

  alignement de séquences courtes d'ADN

• rec: pyscanfcs

  scientific tool for perpendicular line scanning FCS

• rec: python-cogent

  framework pour la biologie du génome

• rec: python3-biomaj3-daemon

  BioMAJ daemon library

• rec: python3-gffutils

  Work with GFF and GTF files in a flexible database framework

• rec: python3-presto

  toolkit for processing B and T cell sequences

• rec: python3-pybedtools

  enveloppe de Python 3 pour BEDTools pour des tâches de bio-informatique

• rec: python3-pybel

  Biological Expression Language

• rec: python3-sqt

  SeQuencing Tools for biological DNA/RNA high-throughput data

• rec: pyvcf

  script d’aide pour l’analyseur de VCF (Variant Call Format)

• rec: qcumber

  quality control of genomic sequences

• rec: qtltools

  Tool set for molecular QTL discovery and analysis

• rec: quorum

  QUality Optimized Reads of genomic sequences

• rec: qutemol

  visualisation interactive de macromolécules

• rec: r-bioc-annotate

  BioConductor annotation for microarrays

• rec: r-bioc-biostrings

  GNU R string objects representing biological sequences

• rec: r-bioc-bitseq

  inférence de transcription d’expression et analyse pour des données de RNA-seq

• rec: r-bioc-cner

  CNE Detection and Visualization

• rec: r-bioc-cummerbund

  tool for analysis of Cufflinks RNA-Seq output

• rec: r-bioc-deseq2

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• rec: r-bioc-dnacopy

  paquet de R : analyse des données de nombre de copies d'ADN

• rec: r-bioc-ebseq

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• rec: r-bioc-genefilter

  méthodes de filtrage de gènes à partir d’expériences sur puce

• rec: r-bioc-geneplotter

  R package of functions for plotting genomic data

• rec: r-bioc-gviz

  Plotting data and annotation information along genomic coordinates

• rec: r-bioc-hilbertvis

  paquet de GNU R pour visualiser de grands vecteurs de données

• rec: r-bioc-impute

  Imputation for microarray data

• rec: r-bioc-limma

  modèles linéaires pour des données de puce (microarray)

• rec: r-bioc-mergeomics

  Integrative network analysis of omics data

• rec: r-bioc-metagenomeseq

  GNU R statistical analysis for sparse high-throughput sequencing

• rec: r-bioc-pcamethods

  BioConductor collection of PCA methods

• rec: r-bioc-phyloseq

  GNU R handling and analysis of high-throughput microbiome census data

• rec: r-bioc-rtracklayer

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

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  GNU R Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis

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  GNU R exploratory analysis of genetic and genomic data

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  GNU R exploratory analyses for the phylogenetic comparative method

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  lignage clonal d’immunoglobuline et analyse de diversité

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  paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution

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  paquet GNU R pour l'analyse de structures biologiques

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  GNU R distance between phylogenetic histories

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  GNU R package for phylogenetic analysis

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  GNU R phylogenetic tools for comparative biology

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  R package: Analysis of Parent-Specific DNA Copy Numbers

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  paquet de GNU R d’analyse de liaisons de marqueurs génétiques

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  GNU R significance analysis of microarrays

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  Species Distribution Modelling Tools

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  GNU R biological sequences retrieval and analysis

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  Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis

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  Advanced Data Analysis of Immune Receptor Repertoires

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  Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data

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  GNU R Statistical Exploration of Landscapes of Phylogenetic Trees

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  Community Ecology Package for R

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  paquet virtuel fourni par r-cran-spp

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  GNU R package for fine-mapping complex diseases

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  consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

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  explore hierarchical metagenomic data with zoomable pie charts

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  Read Assignment Method Based On K-mers

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  module for sampling genomic sequences

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  rapid sensitive and accurate DNA read mapping via quasi-mapping

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  visualisation de macromolécules biologiques

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  outils pour la génération d'images de protéines ou d'autres molécules

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  detector of conserved amino-acid sites

• rec: raxml

  ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

• rec: ray

  de novo genome assemblies of next-gen sequencing data

• rec: rdp-alignment

  paquet d’outils d’alignement de RDP (Ribosomal Database Project)

• rec: rdp-classifier

  extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s

• rec: rdp-readseq

  Ribosomal Database Project (RDP) sequence reading and writing

• rec: readseq

  conversion entre formats de séquences

• rec: reapr

  outil universel pour l’évaluation d’assemblage de génomes

• rec: relion-bin

  toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

  ou relion-bin+mpi

  parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

• rec: relion-bin+gui

  parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

  ou relion-bin+mpi+gui

  parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy

• rec: repeatmasker-recon

  finds repeat families from biological sequences

• rec: reprof

  prédicteur de structure secondaire de protéines et d'accessibilité

• rec: rna-star

  aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq

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  prédiction rapide et efficace des complexes microARN/cible

• rec: roary

  pipeline de pangénome autonome et très rapide

• rec: roguenarok

  versatile and scalable algorithm for rogue taxon identification

• rec: rsem

  RNA-Seq by Expectation-Maximization

• rec: rtax

  classification de lectures de séquence d’ARN ribosomique 16S

• rec: runcircos-gui

  outil graphique pour exécuter circos

• rec: saint

  Significance Analysis of INTeractome

• rec: salmon

  wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

• rec: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• rec: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• rec: scoary

  pangenome-wide association studies

• rec: scrm

  simulator of evolution of genetic sequences

• rec: scythe

  élagage bayésien d’adaptateurs pour des lectures de séquence

• rec: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

• rec: seer

  genomic sequence element (kmer) enrichment analysis

• rec: segemehl

  short read mapping with gaps

• rec: seqan-apps

  C++ library for the analysis of biological sequences

• rec: seqmagick

  imagemagick-like frontend to Biopython SeqIO

• rec: seqprep

  stripping adaptors and/or merging paired reads of DNA sequences with overlap

• rec: seqsero

  Salmonella serotyping from genome sequencing data

• rec: seqtk

  Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format

• rec: sga

  de novo genome assembler that uses string graphs

• rec: sibsim4

  Alignement de séquences d'ARN sur une séquence d'ADN

• rec: sickle

  outil de réduction adaptative à des fenêtres pour des fichiers FASTQ utilisant la qualité

• rec: sigma-align

  alignement de multiples séquences d'ADN non codant

• rec: sim4

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  alignement par lot d’épissages de séquences de cDNA pour un génome cible

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• rec: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• rec: smithwaterman

  determination de régions similaires entre deux chaines de séquences génomiques

• rec: snap

  location of genes from DNA sequence with hidden markov model

• rec: snap-aligner

  Scalable Nucleotide Alignment Program

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  structural variation caller using third-generation sequencing

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  code binaire pour le paquet snp-sites

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  logiciel de mappage strict et rapide de « lectures courtes »

• rec: soapaligner

  aligner of short reads of next generation sequencers

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  méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire une ébauche d’assemblage de novo

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  méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire un assemblage brouillon de novo

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  resequencing utility that can assemble consensus sequence of genomes

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  tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads

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• rec: spades

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  analyze and visualize phylogeographic reconstructions

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  convertisseur pour les séquences génétiques et les alignements

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  utilities for the NCBI Sequence Read Archive

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  Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

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  application de génomique pour assembler des millions de séquences très courtes d’ADN

• rec: sspace

  scaffolding pre-assembled contigs after extension

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  aligneur Smith-Waterman basé sur libssw

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• rec: staden-io-lib-utils

  programs for manipulating DNA sequencing files

• rec: subread

  boite à outils pour le traitement de données de séquençage de nouvelle génération

• rec: suitename

  categorize each suite in an RNA backbone

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  fast and exact clustering of genomic sequences

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  fast and exact comparison and clustering of sequences

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  Phylogenetic Tree Summarization and Annotation

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  Supervised Ranking of Contigs in de novo Assemblies

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• rec: sweed

  estimation des SNP pour leur apport évolutionnaire

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  alignement multiple de séquences

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  indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

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  masqueur de répétitions en tandem peu complexes pour bioséquences

• rec: theseus

  superposition de macromolécules par maximum de vraisemblance

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  Détection de gènes dans des archées et des bactéries

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  alignement structurel de protéines

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  statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions

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  cross-platform workflow engine

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  fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

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  ensemble de programmes implémentant The OpenMS Proteomic Pipeline

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  transmembrane topology prediction

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  bulk submission of chromatogram data to dbEST

• rec: tracetuner

  interpretation of DNA Sanger sequencing data

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  recherche de séquences codantes dans des séquences de transcriptions d’ARN

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  assistant pour Transrate

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  trouve les terminateurs de transcription dans les génomes bactériens

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  reconstruction d’arbres phylogénétiques par la vraisemblance maximale

  ou tree-ppuzzle

  Reconstruction d'arbres phylogéniques par ressemblance maximum

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  réimplémentation en Java de TreeView de Michael Eisen

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  affiche et imprime les arbres phylogénétiques

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  outil flexible de découpage de lecture pour les données Illumina NGS

• rec: trinityrnaseq

  assemblage de novo de séquences d’Arn

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  genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms

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  algorithme de correction d'erreurs pour les lectures courtes réalisées à partir de NGS

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  generate and process accurate consensus nucleotide sequences

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  pipeline d’assemblage hybride pour des génomes bactériens

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  ou velvet-long

  assembleur de séquences d’acide nucléique pour des très courtes lectures, version longue

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  optimisation automatique de paramètres pour Velvet, assembleur génomique de type de novo

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  interface graphique pour les programmes de calculs de chimie

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  outil pour le traitement de séquences métagénomiques

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  réimplémentation de l'utilitaire de détection d'anomalies de l'ADN 16S Pintail

• rec: wise

  comparaison de biopolymères, tels les séquences d'ADN et de protéines

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  find split-read mappings on single-end queries

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  alignement parallèle local de séquences biologiques

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