Paquet : abacas (1.3.1-5)

[ Paquet source : abacas  ]

fermeture d'espaces dans des alignements génomiques depuis des lectures courtes

ABACAS (« Algorithm Based Automatic Contiguation of Assembled Sequences ») est un programme qui permet de rapidement « contiguer » (aligner, trier, orienter), visualiser et concevoir des « primers » avec des espaces restreints ou des « contigs » assemblés au fusil à pompe, basé sur des séquences de référence.

ABACAS utilise MUMmer pour trouver les positions d'alignements et pour identifier dans les références les synténies de contigs assemblés. La sortie est ensuite analysée pour générer une pseudomolécule, en prenant en compte le recouvrement et les espaces entre contigs. ABACAS génère un fichier de comparaison qui peut être utilisé pour visualiser les contigs triés et orientés en ACT. La synthénie est représentée par des barres rouges dans lesquelles l'intensité décroit avec le pourcentage de similitude entre les blocs comparables. Les informations sur les contigs comme l'orientation, le pourcentage d'identité, la couverture et le recouvrement d'autres contigs peuvent également être visualisées en chargeant le fichier de fonctionnalité de sortie sur ACT.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::perl, interface::commandline, Interface utilisateur: Interactive en mode texte, Rôle: role::program, scope::utility

Autres paquets associés à abacas

• dep: mummer

  Alignement de séquence efficace de génomes complets

• rec: primer3

  outil de choix d'amorces l'amplification d'ADN

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
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