Paquet : pdb2pqr (2.1.1+dfsg-5)
Liens pour pdb2pqr
Ressources Debian :
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Télécharger le paquet source pdb2pqr :
Responsables :
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Ressources externes :
- Page d'accueil [www.cgl.ucsf.edu]
Paquets similaires :
Preparation of protein structures for electrostatics calculations
PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:
* Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures * Determining side-chain pKas * Placing missing hydrogens * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields
This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.
Autres paquets associés à pdb2pqr
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- dep: libc6 (>= 2.1.3)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
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- dep: libgcc1 (>= 1:3.0)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
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- dep: libpython2.7 (>= 2.7)
- bibliothèque d'exécution partagée Python - version 2.7
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- dep: python
- langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)
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- dep: python-networkx
- tool to create, manipulate and study complex networks
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- dep: python-numpy
- gestion rapide des tableaux avec Python
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- sug: apbs
- Solveur adaptatif de Poisson Boltzmann
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- enh: autodocktools
- Paquet indisponible
Télécharger pdb2pqr
Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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i386 | 382,7 ko | 2 842,0 ko | [liste des fichiers] |