Paquet : pdb2pqr (2.1.1+dfsg-5)

[ Paquet source : pdb2pqr  ]

Preparation of protein structures for electrostatics calculations

PDB2PQR is a Python software package that automates many of the common tasks of preparing structures for continuum electrostatics calculations. It thus provides a platform-independent utility for converting protein files in PDB format to PQR format. These tasks include:

 * Adding a limited number of missing heavy atoms to biomolecular structures
 * Determining side-chain pKas
 * Placing missing hydrogens
 * Optimizing the protein for favorable hydrogen bonding
 * Assigning charge and radius parameters from a variety of force fields

This package also includes PropKa, a tool to modify the protonation state of protein structures in the Protein Data Bank (PDB) format to match a given pKa value. It can also be used to refine NMR structures, which often yield inaccurate pKa values for some residues.

Autres paquets associés à pdb2pqr

• dep: libc6 (>= 2.1.3)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libpython2.7 (>= 2.7)

  bibliothèque d'exécution partagée Python - version 2.7

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)

• dep: python-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks

• dep: python-numpy

  gestion rapide des tableaux avec Python

• sug: apbs

  Solveur adaptatif de Poisson Boltzmann

• enh: autodocktools

  Paquet indisponible

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	382,7 ko	2 842,0 ko	[liste des fichiers]