Paquet : zalign (0.9.1-4)

[ Paquet source : zalign  ]

alignement parallèle local de séquences biologiques

zAlign est un aligneur local de séquences, spécialement conçu pour de grosses séquences d'ADN biologique, avec plus de 1Mdp (millions de paires de base). Il utilise l'algorithme exact Smith-Waterman avec une fonction affine « gap cost » pour cette tâche.

zAlign peut être utilisé dans des environnements simples ou distribués (dans des grappes par exemple). Il est actuellement testé sous Linux et Sun Solaris, en utilisant les implémentations MPICH (http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpi/mpich1/) et OpenMPI (http://www.open-mpi.org/). Des portages vers d'autres environnements Unix sont envisagés.

Autres paquets associés à zalign

• dep: libc6 (>= 2.4)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.5)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libopenmpi3

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 4.9)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

Télécharger zalign

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
armhf	26,1 ko	97,0 ko	[liste des fichiers]